Kaggle上传.nii.gz格式MRI图像后无法识别文件夹问题求助

问题情况 #

将包含.nii.gz格式MRI图像和.nrrd格式掩码的文件夹压缩后上传至Kaggle，出现以下异常：

• .nrrd掩码可正常识别，文件路径检测返回True
• MRI图像所在文件夹在右侧文件浏览器中显示为空，代码检测该目录存在性返回False
• 推测异常原因是Kaggle自动解压.gz文件，导致原目录结构被破坏，出现空目录

相关截图 #

• 文件浏览器中图像文件夹显示状态：
  

• 掩码文件夹显示状态：
  

• 数据集描述截图：
  

代码测试结果 #

• 掩码文件路径检测：

os.path.isfile('/kaggle/input/arcin-data/resampled_masks/resampled_masks/segmentation101.nrrd')

返回结果：True

• 图像目录路径检测：

os.path.isdir('/kaggle/input/arcin-data/Acrin_data/Acrin_data')

返回结果：False，但该目录在文件浏览器中可见

解决方法 #

1. 重新打包数据集

   • 改用zip格式打包整个数据集，避免使用tar.gz等嵌套压缩格式，防止Kaggle自动解压内部的.nii.gz文件
   • 打包时确保.nii.gz文件以原始压缩状态被包含，不要对其进行二次压缩

2. 检查本地目录结构

   • 本地打包前确认图像文件夹下确实存在.nii.gz文件，层级结构清晰，没有遗漏文件或错误嵌套

3. 重新上传数据集

   • 删除当前Kaggle上的异常数据集，上传重新打包后的压缩文件，上传过程中确认Kaggle的解压设置保留原始目录结构

4. 直接读取解压后的文件

   • 若不想重新上传，可尝试读取Kaggle自动解压后的.nii文件，先查看目录内实际文件：

     import os
     print(os.listdir('/kaggle/input/arcin-data/Acrin_data/Acrin_data'))
     

   • 若存在.nii文件，直接用医学影像库读取：

     import nibabel as nib
     img = nib.load('/kaggle/input/arcin-data/Acrin_data/Acrin_data/目标文件名.nii')
     

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Iliasp