GitHub Actions中无法运行samtools可执行文件问题求助

常见原因及解决办法 #

• 架构不兼容
  GitHub Actions的runner有不同架构——比如Ubuntu默认是x86_64，现在macos-latest用的是ARM64的M1机器。如果你的samtools是在本地x86_64电脑上编译的，扔到ARM runner上肯定跑不起来。
  排查：在workflow里加file bin/samtools，看输出的架构信息，再用uname -m看runner的架构，对比一下就清楚了。
  解决：要么在对应架构的runner上编译samtools，要么直接下载对应架构的预编译包。

• 动态链接库缺失
  samtools是动态链接的二进制文件，要是它依赖的系统库找不到，系统就会报错“没有这个文件或目录”——其实是找不到依赖，不是找不到samtools本身。
  排查：Linux runner用ldd bin/samtools，macOS用otool -L bin/samtools，看输出里有没有标not found的项。
  解决：安装缺失的依赖包（比如Ubuntu上装libncurses5-dev libbz2-dev liblzma-dev这些），或者换静态编译的samtools版本（静态版把依赖都打包进去了）。

• 相对路径踩坑
  虽然tree和ls能找到samtools，但你执行它的时候的工作目录可能和你想的不一样。比如你在./src目录下，直接写bin/samtools就会找不到，得写../bin/samtools才行。
  排查：执行前先打pwd看看当前在哪个目录。
  解决：用绝对路径执行，比如${{ github.workspace }}/bin/samtools，或者先cd到bin目录再跑./samtools。

快速排查步骤 #

把这段加到你的test.yml里，先搞清楚问题出在哪：

- name: Debug samtools issue
  run: |
    pwd
    uname -m
    file bin/samtools
    ldd bin/samtools || otool -L bin/samtools

看输出结果对应上面的方法调整就行。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Erin Young