Docker容器中使用R的reticulate调用Python失败问题排查

我基于rocker/shinyverse:4.2.2构建Docker镜像，Dockerfile内容如下：

# File: Dockerfile
FROM rocker/shiny-verse:4.2.2

RUN echo "apt-get start"
RUN apt-get update && apt-get install -y \
python3 \
python3-pip 

# install R packages
RUN R -e "install.packages('remotes')"
RUN R -e "install.packages('reticulate')"
RUN R -e "install.packages('tidyverse')"

# Install Python packages datetime and zeep
RUN python3 -m pip install datetime zeep

# Set the environment variable to use Python3
ENV RETICULATE_PYTHON /usr/bin/python3

我编写了如下简单R脚本：

library("tidyverse")
library(reticulate)

# Call a simple Python command to calculate 3*5
py_run_string("z = 3+4")
py$z %>% print()

启动容器后，执行命令：

docker exec shiny_new Rscript /home/shiny/ETL/reticulate_test.R

但出现错误：

Error: Python shared library not found, Python bindings not loaded.
Use reticulate::install_miniconda() if you'd like to install a Miniconda Python environment.
Execution halted

不清楚如何正确配置Python以在R脚本中通过reticulate调用Python，请问Docker镜像配置哪里出错了？

• 问题根源：仅安装python3和python3-pip不足以让reticulate正常工作，缺少Python共享库文件——reticulate依赖该库实现R与Python的交互。在Debian/Ubuntu系镜像中，Python共享库包含在python3-dev包内。
• 修正步骤：
  1. 修改Dockerfile，在apt-get install的依赖列表中添加python3-dev：

     RUN apt-get update && apt-get install -y \
     python3 \
     python3-pip \
     python3-dev
     

  2. 额外优化：datetime是Python标准库，无需通过pip安装，可移除该安装项，精简依赖：

     RUN python3 -m pip install zeep
     

  3. 重新构建镜像并启动容器：

     docker build -t shiny_new .
     docker run -d --name shiny_new shiny_new
     

  4. 再次执行测试脚本，reticulate即可正常调用Python。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jochem