遍历.mcool多分辨率文件时出现'Is not an HDF5 file'错误求助

错误原因 #

报错OSError: 'input/*.mcool' is not an HDF5 file的核心原因是shell通配符未被正确展开：当input目录下没有匹配的.mcool文件，或者当前使用的shell不支持通配符展开时，input/*.mcool会被当作字面量文件名传递给cooler ls，而这个字符串显然不是有效的HDF5文件。

解决方案 #

修改脚本，加入通配符处理逻辑，确保只有真实存在的.mcool文件才会被处理：

#!/bin/bash
# 开启nullglob选项：通配符匹配不到文件时，展开为空而非保留字面量
shopt -s nullglob

for mcool_file in input/*.mcool; do
    # 额外校验：确保当前变量指向的是真实文件
    if [[ -f "$mcool_file" ]]; then
        while IFS= read -r id; do
            # 用双引号包裹变量，避免文件名含空格等特殊字符时出错
            cooler balance "$id"
        done < <(cooler ls "$mcool_file")
    fi
done

关键说明 #

1. shopt -s nullglob：这是bash的内置选项，开启后如果通配符没有匹配到任何文件，会直接展开为空字符串，循环不会执行，避免把input/*.mcool当作文件名传递。
2. 双引号包裹变量：确保文件名包含空格、特殊字符时，cooler能正确识别完整路径。
3. 文件存在校验：作为额外保险，避免意外处理非文件类型的路径（比如目录）。

验证步骤 #

1. 先确认input目录下确实存在.mcool文件：执行ls input/*.mcool，如果能列出文件，说明通配符可以正常展开。
2. 单独测试修改后的脚本，或者先拿单个文件验证逻辑：cooler ls input/你的文件名.mcool，确保能正常输出分辨率路径，再执行cooler balance测试单个分辨率。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Anon