Python读取.mat文件报错：未知文件类型版本9,99求解决方案

• 换用支持MATLAB v7.3+版本的库：标准scipy.io.loadmat只支持到v7.2，你遇到的v9格式（对应MATLAB R2020b+）本质是HDF5格式，直接用h5py读取：

  import h5py
  with h5py.File('GSE137764_HCT_GaussiansGSE137764_mooth_scaled_autosome.mat', 'r') as f:
      # 查看文件内的所有变量名
      print(list(f.keys()))
      # 读取具体变量，变量名需根据文件实际内容调整，示例假设为'data'
      data = f['data'][()]
  

  注意：h5py读取的数组维度顺序、字符串处理逻辑可能和scipy有差异，需要自行适配。

• 使用专门的mat73库：这个库专门针对MATLAB 7.3+版本的.mat文件开发，读取结果更贴近scipy的格式，上手更方便：

  pip install mat73
  

  import mat73
  data_dict = mat73.loadmat('GSE137764_HCT_GaussiansGSE137764_mooth_scaled_autosome.mat')
  # 查看所有变量
  print(data_dict.keys())
  

• 在线转换格式：找正规的在线工具，将高版本.mat文件转成v7格式，之后就能用scipy正常读取，注意选择可靠平台避免数据泄露。

• 检查文件完整性：先确认文件下载完整，中断下载会导致文件损坏，引发版本识别错误。可以重新下载文件，有哈希值的话校验一下完整性。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者sam wolfe