CAP（dbRDA）中点的形状填充修改及点重叠显示问题解决

问题1：修改点的形状与填充样式 #

要自定义点的形状和填充效果，需选用支持独立设置边框与填充的点符号（pch=21~25这类带边框的样式），通过bg参数控制填充色，col参数控制边框色，具体实现见下方代码示例。

问题2：修正sites点与图例样式不符的问题 #

原代码中plot(ca)会默认绘制sites的点，后续叠加的点会与默认点重叠导致显示混乱；同时pch=1~10包含空心、实心混合的符号，视觉上和图例不一致。解决方案如下：

• 绘图时先仅展示环境因子和物种（display="bp"），避免默认绘制sites点
• 使用统一的带填充点符号，让绘图点与图例样式完全匹配

修改后的完整代码 #

# Define Colors
colvec <- c("#000000", "#999933", "#661100", "#009e73","#f0e442", "#0072b2", "#d55e00", "#cc79a7", '#888888', '#6699CC')

# 运行CAP分析
(ca <- capscale(co1 ~ Depth + Oxygen + Salinity + POC, data = en, dist = "bray"))

# 先绘制环境因子和物种，不显示sites点
plot(ca, display = "bp")

# 绘制sites点：使用带填充的符号，bg设为分组填充色，col设为黑色边框增强辨识度
points(ca, display = "sites", bg = colvec[en$Region], col = "black", cex = 1.4, pch = 21:30)

# 图例同步使用带填充的符号，确保样式与绘图点一致
with(ca, legend("topleft", legend = levels(en$Region), cex = 1.4, bg = colvec, pch = 21:30, col = "black"))

关键调整说明 #

• plot(ca, display="bp")：bp代表biplot（物种）和predictor（环境因子），跳过默认的sites点绘制，避免重叠
• pch=21~30：这类符号支持独立设置边框色（col）和填充色（bg），能清晰区分不同分组
• 图例中同步设置bg和col参数，保证图例与绘图点的视觉样式完全统一

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Gina