OBITools3运行报错：'str'对象无'isascii'属性求助

我在学校服务器的虚拟环境中使用OBITools3分析DNA宏条形码数据，运行obi taxonomy、obi alignpairedend等命令时反复报错：AttributeError: 'str' object has no attribute 'isascii'。

环境与操作信息 #

• OBITools3版本：3.0.1b22
• Python版本：3.6.8
• 安装命令：

python3 -m venv new-env
source new-env/bin/activate
pip install --upgrade pip setuptools wheel Cython
pip install OBITools3

• 运行的分析命令：

obi alignpairedend --only 20 /data/student/td/R1.fastq -R /data/student/td/R2.fastq /data/student/td/OBIToolsTesting/ObiAligned.fastq

• 完整报错信息：

Traceback (most recent call last):
  File "/home/td/new-env/bin/obi", line 62, in <module>
    config[root_config_name]['module'].run(config)
  File "python/obitools3/commands/alignpairedend.pyx", line 133, in obitools3.commands.alignpairedend.run
  File "python/obitools3/uri/decode.pyx", line 177, in obitools3.uri.decode.open_uri
AttributeError: 'str' object has no attribute 'isascii'

解决方案 #

核心原因 #

str.isascii()是Python 3.7及以上版本新增的字符串方法，你当前使用的Python 3.6.8不支持该方法，而OBITools3 3.0.1b22的代码中调用了这个方法，导致兼容性报错。

具体解决步骤 #

• 创建基于Python 3.7+版本的新虚拟环境（建议选择3.7-3.10版本，避免过高版本的潜在兼容问题）：

  # 替换python3.7为服务器上实际可用的高版本Python命令，比如python3.8
  python3.7 -m venv obi-new-env
  source obi-new-env/bin/activate
  

• 升级依赖并重新安装OBITools3：

  pip install --upgrade pip setuptools wheel Cython
  pip install OBITools3
  

• 在新环境中重新运行你的宏条形码分析命令。

若服务器没有Python 3.7+版本，可联系管理员安装；也可尝试安装OBITools3的更早版本（需确认该版本未使用str.isascii()），但更推荐升级Python版本——Python 3.6已停止官方维护，存在安全隐患。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Tiff-D