Snakemake中使用dict与expand组合时出现值丢失问题

核心原因 #

变量名冲突：函数get_rule_output()内部定义了局部变量output={}，而全局作用域中也存在同名变量output='output'。执行expand(input_a, output=output, ...)时，output参数实际引用的是局部的空字典，而非全局的字符串'output'，导致占位符{output}无法被正确替换，最终返回空列表。

解决方法 #

修改函数内部的字典变量名，避免与全局变量重名。示例代码如下：

# debug.smk
input_a='/{output}/to/{group_name}/input_a'
input_b='/{output}/to/{group_name}/input_b'

rule_a=True
rule_b=True

output='output'
group_name='group_name'

def get_rule_output(): 
    result={}  # 改名避免与全局output冲突
    if rule_a: 
        result['output_a']=expand(input_a, output=output, group_name=group_name)
        print(expand(input_a, output=output, group_name=group_name))
    if rule_b: 
        result['output_xx']=expand(input_b, output=output, group_name=group_name)

    print(result)
    
    return result

rule all: 
    input: 
        get_rule_output(), 

修改后，expand中的output=output会正确引用全局的字符串'output'，占位符替换正常，返回的字典将包含两个预期的路径列表：

{'output_a': ['/output/to/group_name/input_a'], 'output_xx': ['/output/to/group_name/input_b']}

内容的提问来源于stack exchange，提问作者zhang