批量创建同名文件夹并移动对应fastq.gz文件的脚本问题求助

开发者阿泽

2026-7-14

批量配对测序文件归类脚本方案

针对你遇到的配对文件无法正确移入对应文件夹的问题，这里提供两种可靠的Shell脚本方案，适配你的文件命名规则（基名.trimmed_1P.fastq.gz/基名.trimmed_2P.fastq.gz）：

方案一：使用sed提取基名

#!/bin/bash

# 遍历所有1P配对文件，避免重复处理
for file in *_1P.fastq.gz; do
    # 提取基名：移除".trimmed_1P.fastq.gz"后缀
    base=$(echo "$file" | sed 's/\.trimmed_1P\.fastq\.gz$//')
    # 创建目标文件夹（已存在则跳过）
    mkdir -p "$base"
    # 移动对应的1P和2P文件到文件夹
    mv "${base}.trimmed_1P.fastq.gz" "${base}.trimmed_2P.fastq.gz" "$base/"
done

方案二：使用Shell参数扩展（更高效）

无需调用外部工具，纯Shell处理更快速：

#!/bin/bash

for file in *_1P.fastq.gz; do
    # 第一步：移除末尾的"_1P.fastq.gz"，得到"基名.trimmed"
    temp=${file%_1P.fastq.gz}
    # 第二步：移除".trimmed"后缀，得到最终基名
    base=${temp%.trimmed}
    
    mkdir -p "$base"
    mv "${base}.trimmed_1P.fastq.gz" "${base}.trimmed_2P.fastq.gz" "$base/"
done