为何ATAC-seq峰Z-score小提琴图部分呈波浪状？求验证及建议

我在绘制不同时间点ATAC-seq峰（Z-score）的小提琴图时，发现部分图（A）呈现明显波浪状，另一部分图（B）则无此特征。我推测这是因为A组峰数量较多（28,258个）影响了核密度估计，而B组峰数量较少（6,438个）。想请教：

1. 这个推测是否正确？
2. 是否需要对A组图进行修正？

使用的代码如下：

C12[,22:27] %>%
  gather(key = "Stage", value = "val") %>%
  ggplot(aes (x = Stage, y = val, fill = Stage)) +
  scale_fill_viridis_d()+
  geom_hline(yintercept = c(0), linetype = 2) +
  geom_violin()+
  theme(axis.text.x = element_blank())+
  ggtitle("Cluster 12")+
  ylab("Z-score")

附：

• A（波浪状小提琴图）
• B（平滑小提琴图）

你的推测基本正确，小提琴图的波浪状外观确实和数据量（峰数量）直接相关：

• 当数据量极大时，geom_violin()默认的核密度估计带宽会过小，导致密度曲线过度捕捉数据中的微小波动，形成波浪状。小样本量下，默认带宽相对宽松，曲线会自然平滑。

是否需要修正取决于你的使用场景：

• 若仅用于探索性分析，波浪状能反映数据的真实分布细节，无需修正；
• 若用于论文发表或汇报展示，过度波动的曲线会降低可读性，建议通过以下方式优化：
  • 调整带宽：在geom_violin()中添加adjust参数（如geom_violin(adjust = 1.5)），数值越大曲线越平滑，可根据实际效果调整；
  • 手动设置分箱：使用geom_violin(binwidth = 0.2)指定分箱宽度，过滤部分噪声；
  • 切换绘图组合：如果更关注分布趋势，可改用箱线图搭配散点/蜂群图，兼顾细节与可读性。

调整带宽的代码示例：

C12[,22:27] %>%
  gather(key = "Stage", value = "val") %>%
  ggplot(aes (x = Stage, y = val, fill = Stage)) +
  scale_fill_viridis_d()+
  geom_hline(yintercept = c(0), linetype = 2) +
  geom_violin(adjust = 1.8)+  # 调整adjust值优化平滑度
  theme(axis.text.x = element_blank())+
  ggtitle("Cluster 12")+
  ylab("Z-score")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user22332364