R语言中使用prcomp执行PCA分析时无法将绘图标签从行号替换为站点名称的问题求助

问题出在你用tibble设置行名的方式上——tibble本身不推荐使用行名（这也是你看到Setting row names on a tibble is deprecated警告的原因），直接用row.names()赋值的操作并没有真正修改数据对象的行名属性，只是R Studio环境面板的显示给了你错觉。

下面给你两种可行的解决方案：

方案1：用tidyverse工具将Site列转为行名（推荐） #

tibble设计时就更倾向于用单独的列存储标识信息，如果你确实需要行名，可以用column_to_rownames()函数（来自dplyr/tidyverse）来完成，这个操作会将指定列转为行名并删除该列：

library(tidyverse)

# 将Site列转为行名，同时移除原Site列
tf4 <- tf4 %>% column_to_rownames(var = "Site")

# 运行PCA（此时tf4只剩sp1-sp6列）
model <- prcomp(tf4, scale = TRUE)

# 绘制双标图，此时会自动使用行名（站点名称）作为标签
biplot(model)

方案2：保留Site列，手动指定双标图标签 #

如果你不想修改原数据结构，可以直接在biplot()函数中通过labels参数指定站点名称，不用依赖行名：

# 运行PCA时排除Site列
model <- prcomp(tf4[, -7], scale = TRUE)

# 绘制双标图时手动传入Site列作为标签
biplot(model, labels = tf4$Site)

这两种方法都能让双标图正确显示你的站点名称，解决之前行号显示的问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Rachel