如何在保留默认文件名的同时修改PBS输出与错误文件的默认目录？

问题的核心在于：你直接在#PBS -o中使用$PBS_JOBNAME、$PBS_JOBID这类环境变量是无效的——这些变量是作业启动运行后才会被PBS设置的，而#PBS指令是由qsub在提交阶段解析的，此时还没有这些变量的实际值。

下面提供两种可行的解决方法：

方法1：使用PBS内置占位符（推荐） #

绝大多数PBS衍生版本（如Torque、PBS Pro）支持在-o参数中用特殊占位符指代作业名和ID，常用的占位符包括：

• %N：对应作业名（即PBS_JOBNAME的值）
• %j：对应作业ID（即PBS_JOBID的值）

你只需要在脚本里这么写即可：

#PBS -o /path/to/my/%N.o%j
# 若要同步指定错误文件路径，保持相同格式：
#PBS -e /path/to/my/%N.e%j

提交作业后，qsub会自动将占位符替换为实际的作业名和ID，生成类似/path/to/my/my_test_job.o123456的输出文件，完全符合你“只改目录、保留默认文件名格式”的需求。

方法2：脚本内手动重定向输出（兼容所有PBS版本） #

如果你的PBS版本不支持占位符，可以放弃#PBS -o，转而在脚本运行时利用已生效的环境变量手动重定向输出：

#!/bin/bash
# 定义输出目录
OUTPUT_DIR="/path/to/my"
# 确保目录存在，不存在则创建
mkdir -p "$OUTPUT_DIR"
# 重定向标准输出和错误到指定目录的默认格式文件
exec > "$OUTPUT_DIR/${PBS_JOBNAME}.o${PBS_JOBID}" 2>&1

# 以下是你的作业执行命令
echo "作业启动成功"
your_task_command_here

这种方式是在作业启动后，借助PBS已经设置好的PBS_JOBNAME和PBS_JOBID变量生成文件名，同样能达到预期效果。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者rdv