如何让Snakemake输出完整的异常traceback？

以下几种方法可以帮你获取完整的异常回溯：

• 设置环境变量强制输出回溯
  在运行Snakemake前设置PYTHONDEBUG=1环境变量，比如：

  PYTHONDEBUG=1 snakemake [你的参数]
  

  这个环境变量会让Python强制输出未被捕获异常的完整调用栈，包括Snakemake内部的执行细节。

• 用Python脚本包裹Snakemake执行
  写一个简单的Python脚本手动捕获并打印回溯：

  import traceback
  from snakemake import main
  
  try:
      main()
  except Exception as e:
      traceback.print_exc()
  

  保存为run_snakemake.py后，用以下命令运行（替换为你的Snakemake参数）：

  python run_snakemake.py --your-parameters-here
  

• 更新Snakemake版本后重试现有参数
  部分旧版本的Snakemake对--debug和--verbose参数的回溯输出存在限制，更新到最新稳定版后，结合这两个参数可能会直接输出完整回溯：

  pip install --upgrade snakemake
  snakemake --debug --verbose [你的参数]
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者hepcat72