COMBS2脚本无法加载配体文件，实时叠加任务终止求助

问题描述 #

COMBS2脚本指定目录下已存在ligand.txt、ligand.pdb、ligand.params及目标蛋白的全甘氨酸/全丙氨酸结构，但运行时无法加载配体，报错如下：

Traceback (most recent call last):
File "run_design.py", line 97, in <module>
s.load_ligands(template, use_ligs_of_loaded_vdms_only=True,
File "/home/shifman/Combs2/combs2/design/_sample.py", line 2118, in load_ligands
raise Exception('No ligands were successfully loaded. Stopping the run.')
Exception: No ligands were successfully loaded. Stopping the run. 

调用load_ligands的代码片段：

s.load_ligands(template, use_ligs_of_loaded_vdms_only=True,
frac_non_hb_heavy_buried=0,
path_to_ligand_database='/home/shifman/astaxanthin/AXA/superpose_ligand/',
hull_tolerance=0,
run_parallel= True)

排查步骤 #

• 检查路径权限：确认/home/shifman/astaxanthin/AXA/superpose_ligand/目录及配体文件对运行脚本的用户有读权限，可通过ls -l命令查看权限设置。
• 验证文件格式正确性
  • ligand.pdb：检查文件是否完整无截断，原子行字段符合PDB标准，配体残基名统一。
  • ligand.params：确认参数文件符合Rosetta格式要求，原子类型、电荷等参数定义无语法错误。
  • ligand.txt：检查文件内容是否正确关联配体的PDB和params文件，每行格式符合COMBS2的规则（通常为配体名、PDB路径、params路径的组合）。
• 关闭并行加载测试：暂时将run_parallel=True改为run_parallel=False，排除并行进程的权限或资源冲突问题。
• 调整空间匹配参数：当前hull_tolerance=0过于严格，尝试改为hull_tolerance=0.5或默认值，避免配体因空间匹配度过低被过滤。
• 取消VDM预加载限制：将use_ligs_of_loaded_vdms_only设为False，直接加载配体，排查是否因VDM相关逻辑导致配体被过滤。
• 开启调试日志：若脚本支持，添加verbose=True等日志参数，获取配体加载过程中的具体错误细节，比如单个文件的加载失败原因。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者DanielLevin