使用R中gtsummary包的tbl_summary函数时CommonMark格式错误求助

问题重现 #

运行以下代码时触发错误：

library(gtsummary)
tbl_summary(mtcars)

错误信息 #

Error in value[[3L]](cond): Output format 'html' is not supported in commonmark.
Additionally: Warning message:
In normalizePath(path.expand(path), winslash, mustWork) : path[1]="\my\path\to\normalizePath(path.expand(path), Ð>

环境信息 #

• R版本：4.3.1
• gtsummary包版本：1.7.2

完整session信息：

sessionInfo()

R version 4.3.1 (2023-06-16 ucrt)
Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)
Running under: Windows 10 x64 (build 19044)

Matrix products: default


attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base     

other attached packages:
 [1] markdown_1.7           survivalAnalysis_0.3.0 finalfit_1.0.6        
 [4] ggsurvfit_0.3.0        gtsummary_1.7.2        survminer_0.4.9       
 [7] ggpubr_0.6.0           survival_3.5-5         janitor_2.2.0         
[10] lubridate_1.9.2        forcats_1.0.0          stringr_1.5.0         
[13] dplyr_1.1.2            purrr_1.0.1            readr_2.1.4           
[16] tidyr_1.3.0            tibble_3.2.1           ggplot2_3.4.2         
[19] tidyverse_2.0.0       

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] tidyselect_1.2.0     fastmap_1.1.1        broom.helpers_1.13.0 digest_0.6.33       
 [5] rpart_4.1.19         timechange_0.2.0     lifecycle_1.0.3      magrittr_2.0.3      
 [9] compiler_4.3.1       sass_0.4.7           rlang_1.1.1          tools_4.3.1         
[13] utf8_1.2.3           gt_0.9.0             data.table_1.14.8    knitr_1.43          
[17] ggsignif_0.6.4       xml2_1.3.5           abind_1.4-5          withr_2.5.0         
[21] nnet_7.3-19          grid_4.3.1           fansi_1.0.4          jomo_2.7-6          
[25] xtable_1.8-4         colorspace_2.1-0     mice_3.16.0          scales_1.2.1        
[29] iterators_1.0.14     MASS_7.3-60          cli_3.6.1            generics_0.1.3      
[33] km.ci_0.5-6          tzdb_0.4.0           tidytidbits_0.3.2    minqa_1.2.5         
[37] splines_4.3.1        survMisc_0.5.6       vctrs_0.6.3          boot_1.3-28.1       
[41] glmnet_4.1-7         Matrix_1.5-4.1       carData_3.0-5        car_3.1-2           
[45] hms_1.1.3            mitml_0.4-5          rstatix_0.7.2        foreach_1.5.2       
[49] glue_1.6.2           nloptr_2.0.3         pan_1.8              codetools_0.2-19    
[53] cowplot_1.1.1        stringi_1.7.12       gtable_0.3.3         shape_1.4.6         
[57] lme4_1.1-34          munsell_0.5.0        pillar_1.9.0         htmltools_0.5.5     
[61] R6_2.5.1             KMsurv_0.1-5         lattice_0.21-8       backports_1.4.1     
[65] broom_1.0.5          snakecase_0.11.0     Rcpp_1.0.11          gridExtra_2.3       
[69] nlme_3.1-162         xfun_0.39            zoo_1.8-12           pkgconfig_2.0.3     

原因分析 #

1. 包版本冲突：markdown_1.7与commonmark包存在兼容问题，gtsummary默认输出HTML格式，但当前环境下commonmark不支持该输出格式。
2. 路径解析错误：警告信息显示Windows路径转义异常，可能是工作路径包含未转义的反斜杠或特殊字符，导致路径规范化失败。

解决办法 #

1. 调整包依赖版本 #

更新或降级相关包，确保markdown与commonmark版本兼容：

# 卸载现有包
remove.packages(c("markdown", "commonmark"))
# 安装指定兼容版本
install.packages("markdown", version = "1.6")
install.packages("commonmark", version = "1.9.0")

2. 显式指定输出格式 #

绕过默认HTML输出，直接将结果转换为其他支持的格式：

• 转换为gt表格（推荐在RStudio中使用）：

library(gtsummary)
tbl_summary(mtcars) %>% as_gt()

• 转换为markdown格式：

tbl_summary(mtcars) %>% as_tibble() %>% knitr::kable()

• 转换为flextable格式：

tbl_summary(mtcars) %>% as_flex_table()

3. 修复工作路径问题 #

检查并设置合法的工作路径，避免使用未转义的反斜杠：

# 设置工作路径（使用正斜杠或双反斜杠）
setwd("C:/your/valid/path")
# 或检查当前路径
getwd()

4. 清理会话重新加载 #

重启R会话，清理环境后仅加载必要包：

rm(list = ls())
gc()
library(gtsummary)
tbl_summary(mtcars)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Maximilian S