运行annotate-gene-fusion遇TypeError及批量脚本问题求助

当前目录下的文件按第一个.前的子串作为唯一ID分组（例如A001C007.log的ID为A001C007），需要为每个ID对应的文件集运行annotate-gene-fusion批量脚本，但执行时触发以下错误：TypeError: read_csv() got an unexpected keyword argument 'error_bad_lines'。由于无源码修改权限，无法调整脚本中的pd.read_csv(...,error_bad_lines=False)语句；尝试安装pandas 1.4.0，但实际成功安装的是1.3.5，错误仍未解决。

循环脚本示例 #

#!/bin/bash
# 获取所有唯一ID
for id in $(ls | cut -d '.' -f1 | sort -u); do
    echo "Processing ID: $id"
    # 运行批量脚本
    annotate-gene-fusion --input-files $(ls $id.*) --output-dir ./output_$id
done

报错栈信息 #

Traceback (most recent call last):
  File "/path/to/annotate-gene-fusion", line 123, in <module>
    df = pd.read_csv(input_file, error_bad_lines=False)
TypeError: read_csv() got an unexpected keyword argument 'error_bad_lines'

当前目录文件示例 #

• A001C007.log
• A001C007.fusion.txt
• B002D008.log
• B002D008.fusion.txt
• C003E009.csv

单ID运行的期望命令 #

annotate-gene-fusion --input-files A001C007.log A001C007.fusion.txt --output-dir ./output_A001C007

解决方法 #

• 安装兼容的pandas版本：error_bad_lines参数在pandas 1.5.0及以后版本被移除，需安装1.4.x系列的稳定版本（如1.4.4）。执行以下命令强制重装：

  pip install pandas==1.4.4 --force-reinstall
  

  强制重装可确保替换现有版本，避免依赖残留导致的版本不匹配。
• 验证版本正确性：安装完成后运行以下命令确认版本：

  python -c "import pandas; print(pandas.__version__)"
  

  输出应为1.4.4或其他1.4.x版本。
• 无源码修改权限的临时补丁方案：若无法安装指定版本，可通过猴子补丁将旧参数映射为新参数。创建一个补丁脚本patch_pandas.py：

  import pandas as pd
  
  original_read_csv = pd.read_csv
  
  def patched_read_csv(*args, **kwargs):
      if 'error_bad_lines' in kwargs:
          # 将error_bad_lines=False转换为等价的on_bad_lines='skip'
          kwargs['on_bad_lines'] = 'skip'
          del kwargs['error_bad_lines']
      return original_read_csv(*args, **kwargs)
  
  pd.read_csv = patched_read_csv
  

  然后修改批量脚本的运行方式，先加载补丁再执行目标脚本：

  python -c "import sys; sys.path.insert(0, '.'); import patch_pandas; exec(open('/path/to/annotate-gene-fusion').read())"
  

  或者如果是通过命令行直接调用，可设置环境变量PYTHONPATH并预加载补丁：

  PYTHONPATH=. python -m patch_pandas /path/to/annotate-gene-fusion --input-files $(ls $id.*) --output-dir ./output_$id
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Anon