MacOS下brew安装hdf5遇--enable-cxx无效及clang -fopenmp报错求助

• 先确认brew安装的llvm和libomp路径，默认路径为：
  • llvm：/usr/local/opt/llvm
  • libomp：/usr/local/opt/libomp
• 创建或修改R的配置文件~/.R/Makevars，添加以下内容：

  CC=/usr/local/opt/llvm/bin/clang
  CXX=/usr/local/opt/llvm/bin/clang++
  CFLAGS=-I/usr/local/opt/libomp/include
  CXXFLAGS=-I/usr/local/opt/libomp/include
  LDFLAGS=-L/usr/local/opt/libomp/lib -lomp
  

• 保存文件后重启R，重新编译Rcpp代码即可，此时会调用支持-fopenmp的llvm编译器。

• Homebrew的hdf5公式已更新，旧的--enable-cxx/--with-cxx选项已被移除，当前版本默认集成C++接口支持，直接执行以下命令安装即可：

  brew install hdf5
  

• 可执行brew info hdf5查看输出，确认C组件是否已启用；若需要特定版本，可指定版本号（如brew install hdf5@1.12），新版本公式均默认包含C支持。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Stan