PHP调用Python3脚本失败求助：numpy模块AttributeError报错

背景 #

本地PHP5环境中，PHP脚本可正常调用Python3执行聚类分析：小数据通过shell_exec传递参数，大数据通过exec让Python读取JSON文件。但迁移到Apache2+PHP7.4.3服务器后，PHP无法执行带数据处理依赖的Python脚本——仅做JSON读写的脚本能正常运行，涉及scipy、pandas的脚本直接报错，但服务器命令行执行该Python脚本完全正常。

已尝试的操作：

• 使用Python3完整路径调用脚本
• 在Python脚本顶部添加shebang声明
• 给相关文件设置读写权限

错误堆栈 #

Traceback (most recent call last):
File "/var/www/testsite/py/hclust_esc.py", line 4, in <module>
import scipy.cluster.hierarchy as sch
File "/usr/lib/python3/dist-packages/scipy/cluster/__init__.py", line 27, in <module>
from . import vq, hierarchy
File "/usr/lib/python3/dist-packages/scipy/cluster/vq.py", line 74, in <module>
from scipy.spatial.distance import cdist
File "/usr/lib/python3/dist-packages/scipy/spatial/__init__.py", line 99, in <module>
from .kdtree import *
File "/usr/lib/python3/dist-packages/scipy/spatial/kdtree.py", line 8, in <module>
import scipy.sparse
File "/usr/lib/python3/dist-packages/scipy/sparse/__init__.py", line 229, in <module>
from .base import *
File "/usr/lib/python3/dist-packages/scipy/sparse/base.py", line 8, in <module>
from .sputils import (isdense, isscalarlike, isintlike,
File "/usr/lib/python3/dist-packages/scipy/sparse/sputils.py", line 16, in <module>
supported_dtypes = [np.typeDict[x] for x in supported_dtypes]
File "/usr/lib/python3/dist-packages/scipy/sparse/sputils.py", line 16, in <listcomp>
supported_dtypes = [np.typeDict[x] for x in supported_dtypes]
File "/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/numpy/__init__.py", line 320, in __getattr__
raise AttributeError("module {!r} has no attribute "
AttributeError: module 'numpy' has no attribute 'typeDict'

服务器安装的numpy版本为1.21.0，命令行执行无此错误。

解决方案 #

1. 统一Python环境

从错误路径可看出：PHP调用时加载的是/usr/local/lib/python3.8/dist-packages/numpy，而命令行使用的是另一个环境（比如系统自带的/usr/lib/python3/dist-packages），两个环境的依赖版本不匹配导致报错。

解决方法：

• 找到命令行使用的Python完整路径：执行which python3，得到路径如/usr/bin/python3
• 在PHP的exec或shell_exec中直接用该完整路径调用脚本：

  exec('/usr/bin/python3 /var/www/testsite/py/hclust_esc.py');
  

• 更稳妥的方式是创建与命令行环境一致的虚拟环境，使用虚拟环境的Python路径调用脚本。

2. 修复依赖版本兼容性

np.typeDict在numpy 1.20之后被移除，替换为np.dtypeDict，若PHP调用环境中的scipy版本过旧，就会出现该错误。

解决方法：

• 找到PHP调用的Python对应的pip路径，比如/usr/local/bin/pip3
• 升级scipy到兼容numpy 1.21.0的版本：

  /usr/local/bin/pip3 install --upgrade scipy
  

3. 配置环境变量

Apache用户（通常为www-data）的环境变量与登录用户不同，可能导致依赖包路径无法识别。可在调用时指定PYTHONPATH：

exec('export PYTHONPATH="/usr/lib/python3/dist-packages" && /usr/bin/python3 /var/www/testsite/py/hclust_esc.py');

内容的提问来源于stack exchange，提问作者schustischuster