如何在Bash中使用变量切换cut命令的分隔符参数？

问题背景 #

存在两类基因数据文件，一类为空格分隔，一类为制表符分隔，示例内容如下：

marker allele1 allele2 id1 id1 id2 id2
chr11_96001606 C T 1.25893e-12 1 3.16228e-26 0.000999001
chr1_46021459 G T 0.969347 0.0306534 1.22034e-21 0.996035

编写脚本判断文件分隔符并将参数存入FILESEP变量：

file=~/Desktop/test.geno.file.txt
  
if cat $file | awk '{exit !/\t/}'; then
  echo "Tab delimited" # tab file
  FILESEP=""
else
  FILESEP="-d \ "
  echo "Space delimited with $FILESEP" # space file
fi
onlyfile=$(basename $file)

需要用cut命令提取第一列并拆分染色体与位置，原有效命令为：

POSFILE=${onlyfile%.txt}.pos.gz # Next command will generate it 
cat $file | cut -d' '  -f 1 | perl -p -e 's/_([^_]+$)/\t$1/' | grep -v marker | gzip > ~/Desktop/$POSFILE # Keep position only chr \t pos 

但将-d' '替换为$FILESEP后，命令无法正常运行。

问题原因 #

bash对变量进行词拆分时，会将-d \ 拆分为-d、\、 三个独立参数，导致cut无法识别错误的参数格式。

解决方案 #

方法1：用数组存储命令参数（推荐） #

bash数组可正确保留参数结构，避免词拆分问题：

file=~/Desktop/test.geno.file.txt

# 判断分隔符并设置cut参数数组
if awk '{exit !/\t/}' "$file"; then
  echo "Tab delimited"
  cut_args=(-f 1)  # 制表符是cut默认分隔符，无需指定-d
else
  echo "Space delimited"
  cut_args=(-d ' ' -f 1)
fi
onlyfile=$(basename "$file")

# 执行处理命令
POSFILE=${onlyfile%.txt}.pos.gz
cat "$file" | cut "${cut_args[@]}" | perl -p -e 's/_([^_]+$)/\t$1/' | grep -v marker | gzip > ~/Desktop/"$POSFILE"

方法2：改用awk完成全流程（更简洁健壮） #

直接用awk自动检测分隔符、提取列并拆分染色体位置，无需依赖cut和参数传递：

file=~/Desktop/test.geno.file.txt
onlyfile=$(basename "$file")
POSFILE=${onlyfile%.txt}.pos.gz

awk '
BEGIN {
    # 自动检测分隔符
    if ((getline < ARGV[1]) > 0) {
        if (/\t/) FS="\t";
        else FS=" ";
        close(ARGV[1]);
    }
}
NR>1 {  # 跳过表头行
    split($1, chr_pos, "_");
    print chr_pos[1] "\t" chr_pos[2];
}
' "$file" | gzip > ~/Desktop/"$POSFILE"

方法3：修正变量赋值与引用（不推荐，存在安全风险） #

若坚持用变量传递，可通过eval执行，但需注意变量的正确赋值：

file=~/Desktop/test.geno.file.txt
  
if awk '{exit !/\t/}' "$file"; then
  echo "Tab delimited"
  FILESEP=""
else
  FILESEP="-d ' '"
  echo "Space delimited"
fi
onlyfile=$(basename "$file")

POSFILE=${onlyfile%.txt}.pos.gz
cat "$file" | eval cut $FILESEP -f 1 | perl -p -e 's/_([^_]+$)/\t$1/' | grep -v marker | gzip > ~/Desktop/"$POSFILE"

内容的提问来源于stack exchange，提问作者M. Beausoleil