emmeans中joint_tests无法识别make.tran()转换的协变量问题

使用emmeans 1.8.8版本，遇到如下问题：

重现代码与现象 #

首先准备数据并定义转换函数：

set.seed(83)
library(emmeans)
dummy <- expand.grid(
  covar  = runif(72, min = 0, max = 1),
  resp = runif(72, min = 0, max = 2),
  site = c("a", "b", "c", "d", "e", "g"),
  C = 1:4,
  R = c("i", "j", "k")
)

as.tran <- make.tran("asin.sqrt")

构建模型并执行joint_tests：

mod <- with(as.tran, lm(sqrt(resp) ~ site  +  C * R * linkfun(covar), data = dummy))

执行结果中完全没有出现涉及covar的行：

model term df1    df2 F.ratio p.value
 site         5 373231   0.000  1.0000
 C            1 373231   0.000  1.0000
 R            2 373231   0.000  1.0000
 C:R          2 373231   0.000  1.0000

对比测试 #

1. 交换响应变量与协变量
   将转换后的协变量作为响应变量，原响应变量作为预测变量：

mod2 <- with(as.tran, lm( linkfun(covar) ~ site  +  C * R * sqrt(resp), data = dummy))
joint_tests(mod2)

此时joint_tests能输出完整的ANCOVA结果，包含resp相关项：

model term df1    df2 F.ratio p.value
 site         5 373231   0.000  1.0000
 C            1 373231   0.000  1.0000
 R            2 373231   0.000  1.0000
 resp         1 373231   0.000  1.0000
 C:R          2 373231   0.000  1.0000
 C:resp       1 373231   0.000  1.0000
 R:resp       2 373231   0.000  1.0000
 C:R:resp     2 373231   0.000  1.0000

2. 直接使用转换函数而非make.tran()
   不通过make.tran()，直接在模型中用asin()转换协变量：

mod3 <- lm( sqrt(resp) ~ site  +  C * R * asin(covar), data = dummy)

joint_tests(mod3)

此时joint_tests能正常识别covar及其交互项：

model term df1    df2 F.ratio p.value
 site         5 373231   0.000  1.0000
 C            1 373231   0.000  1.0000
 R            2 373231   0.000  1.0000
 covar        1 373231   0.000  1.0000
 C:R          2 373231   0.000  1.0000
 C:covar      1 373231   0.000  1.0000
 R:covar      2 373231   0.000  1.0000
 C:R:covar    2 373231   0.000  1.0000

3. 使用make.tran("asin")转换协变量
   即便改用asin类型的转换，结果依然无法识别covar：

a.tran = make.tran("asin")

mod4 <- with(a.tran, lm(sqrt(resp) ~ site  +  C * R * linkfun(covar), data = dummy))

joint_tests(mod4)

输出结果：

model term df1    df2 F.ratio p.value
 site         5 373231   0.000  1.0000
 C            1 373231   0.000  1.0000
 R            2 373231   0.000  1.0000
 C:R          2 373231   0.000  1.0000

需求 #

寻求解决该问题的方法，让joint_tests能识别通过make.tran()转换后的协变量。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者hnguyen