fastStructure运行报错：Argument 'pi'类型不符（预期与实际均为allelefreq.AlleleFreq）

问题描述 #

在Ubuntu 20.04.6系统完成fastStructure安装后，执行测试命令：

python structure.py -K 3 --input=test/testdata --output=test/testoutput_simple --full --seed=100

触发如下错误：

Traceback (most recent call last):
  File "/fastStructure/structure.py", line 176, in <module>
    Q, P, other = fastStructure.infer_variational_parameters(G, params['K'], \
  File "fastStructure.pyx", line 101, in fastStructure.infer_variational_parameters
    E = mlhood.marginal_likelihood(G, psi, pi)
TypeError: Argument 'pi' has incorrect type (expected allelefreq.AlleleFreq, got allelefreq.AlleleFreq)

导致testoutput_simple.3.log为空，其余输出文件缺失。

解决方法 #

1. 重新编译Cython模块 #

该错误多由Cython编译生成的模块与当前Python环境不兼容导致，重新编译可修复类型识别问题：

• 进入fastStructure根目录
• 清理旧编译文件：

  rm -rf *.c *.so build/
  

• 使用当前Python环境重新编译：

  python setup.py build_ext --inplace
  

  注意：若系统存在多版本Python，需确保使用安装fastStructure时的对应环境。

2. 匹配依赖版本 #

fastStructure对numpy、cython版本有特定要求，版本不匹配会引发类型错误：

• 检查当前依赖版本：

  python -c "import numpy; print(numpy.__version__)"
  python -c "import cython; print(cython.__version__)"
  

• 安装兼容版本（推荐组合）：

  pip uninstall numpy cython
  pip install numpy==1.21.6 cython==0.29.32
  

• 重新编译fastStructure模块。

3. 切换至Python 3.7环境 #

Ubuntu 20.04默认Python 3.8与fastStructure存在兼容性问题，可通过虚拟环境使用Python 3.7：

• 安装Python 3.7：

  sudo apt-get install python3.7 python3.7-dev python3.7-venv
  

• 创建并激活虚拟环境：

  python3.7 -m venv faststruct_env
  source faststruct_env/bin/activate
  

• 在虚拟环境内重新安装依赖并编译：

  pip install numpy==1.21.6 cython==0.29.32
  python setup.py build_ext --inplace
  

• 在此环境中重新运行测试命令。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Valeria Alvarez