在Ubuntu22.04编译R 4.3.1遇libR.so未定义引用错误求助

问题 #

在Ubuntu 22.04上从源码编译R 4.3.1并安装到指定目录，执行了以下命令：

sudo sed -i.bak "/^#.*deb-src.*universe$/s/^# //g" /etc/apt/sources.list
sudo apt update
sudo apt build-dep r-base

./configure     --prefix=/data/shared/photon/opt/R/ubuntu22/${R_VERSION}     --enable-R-shlib     --enable-memory-profiling     --with-blas     --with-lapack
make -j 4

编译时出现链接错误：

make[3]: Entering directory '/root/R-4.3.1/src/main'
gcc -Wl,--export-dynamic -fopenmp  -L"../../lib" -L/usr/local/lib -o R.bin Rmain.o  -lR 
/usr/bin/ld: ../../lib/libR.so: undefined reference to `u_versionToString_58'
/usr/bin/ld: ../../lib/libR.so: undefined reference to `u_getVersion_58'
/usr/bin/ld: ../../lib/libR.so: undefined reference to `uloc_setDefault_58'
/usr/bin/ld: ../../lib/libR.so: undefined reference to `ucol_setStrength_58'
/usr/bin/ld: ../../lib/libR.so: undefined reference to `ucol_open_58'
/usr/bin/ld: ../../lib/libR.so: undefined reference to `ucol_close_58'
/usr/bin/ld: ../../lib/libR.so: undefined reference to `ucol_strcollIter_58'
/usr/bin/ld: ../../lib/libR.so: undefined reference to `ucol_setAttribute_58'
/usr/bin/ld: ../../lib/libR.so: undefined reference to `uiter_setUTF8_58'
/usr/bin/ld: ../../lib/libR.so: undefined reference to `ucol_getLocaleByType_58'

系统自带libicu70，libR由R源码提供，请问如何解决该问题？是否有无需apt即可安装到指定位置的Ubuntu22版R二进制包？

解决方案 #

一、解决编译链接错误 #

这些未定义引用属于ICU Unicode组件库，问题根源是R 4.3.1编译时未正确链接系统的libicu70，或者默认依赖的ICU版本（符号名里的_58对应ICU 58）与系统提供的libicu70不匹配。可按以下步骤修复：

1. 指定ICU库路径重新配置
   在./configure命令中添加ICU相关参数，强制使用系统的libicu70：

   ./configure \
     --prefix=/data/shared/photon/opt/R/ubuntu22/${R_VERSION} \
     --enable-R-shlib \
     --enable-memory-profiling \
     --with-blas \
     --with-lapack \
     --with-icu=/usr
   

   Ubuntu 22.04的libicu头文件在/usr/include/x86_64-linux-gnu/unicode，库文件在/usr/lib/x86_64-linux-gnu，指定/usr作为根路径可让configure自动定位这些资源。

2. 清理缓存后重新编译
   先清除之前的编译产物，再重新执行配置和编译：

   make clean
   ./configure [上述完整参数]
   make -j4
   

3. 确保ICU开发包完整
   即便执行过apt build-dep r-base，仍可额外安装ICU开发包确认依赖：

   sudo apt install libicu-dev
   

二、无需apt安装的R二进制包 #

Ubuntu 22.04可用以下方式获取可直接部署到指定目录的R二进制包：

• CRAN预编译tar包：CRAN为Ubuntu提供.tar.gz格式的预编译二进制包，下载后直接解压到目标目录即可使用。
• conda离线部署：在有网络的机器上用conda-forge频道安装R到独立环境，将整个环境目录复制到目标机器，调整R_HOME环境变量和动态库路径（可使用patchelf工具修改二进制的rpath）。
• 手动打包已安装的R：若其他机器已通过apt安装R 4.3.1，打包/usr/lib/R等核心目录，解压到目标路径后，配置环境变量即可使用。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者doom4