Apple Silicon macOS下RStudio安装ggmsa包失败求助

针对你在Ventura 13.5上用devtools安装ggmsa时遇到的pkg-config: command not found和Cannot find working proj.h headers and library错误，试试以下解决步骤：

• 确认环境变量已生效
  修改.zshrc后需要让终端重新加载配置，执行以下命令：

  source ~/.zshrc
  echo $PKG_CONFIG_PATH
  

  确认输出中包含/opt/homebrew/lib/pkgconfig，同时用brew list pkg-config proj检查这两个依赖包确实已通过Homebrew安装。

• 直接为R指定proj路径
  部分情况下R的编译脚本无法识别系统环境变量，手动设置proj的头文件和库路径后再安装：

  Sys.setenv(PROJ_INCLUDE="/opt/homebrew/include")
  Sys.setenv(PROJ_LIB="/opt/homebrew/lib")
  devtools::install_github("YuLab-SMU/ggmsa")
  

• 检查Xcode命令行工具完整性
  多数R编译包依赖Xcode工具链，确认已安装并同意许可协议：

  xcode-select --install
  sudo xcodebuild -license accept
  

• 清理devtools缓存后重试
  devtools的缓存可能导致依赖检测异常，清理缓存后强制重装：

  devtools::clean_deps()
  devtools::install_github("YuLab-SMU/ggmsa", force = TRUE)
  

• 先单独安装依赖包
  ggmsa依赖sf、rgdal等需要proj支持的包，先确保这些依赖能正常编译安装：

  install.packages("sf", type = "source")
  install.packages("rgdal", type = "source")
  

  待这些依赖包安装成功后，再尝试安装ggmsa。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Master.Spam