Conda虚拟环境导入nest-simulator报错：libhdf5.so.200无法打开

问题重现 #

在Conda虚拟环境中先后安装PyTorch和nest-simulator后，导入PyTorch正常，但执行python -c 'import nest'时出现以下错误：

(testenv) matteo@masked-hero:~$ python -c 'import nest'
Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 1, in <module>
  File "/home/matteo/anaconda3/lib/python3.11/site-packages/nest/__init__.py", line 63, in <module>
    from .ll_api_kernel_attributes import KernelAttribute  # noqa
  File "/home/matteo/anaconda3/lib/python3.11/site-packages/nest/ll_api_kernel_attributes.py", line 22, in <module>
    from .ll_api import sr, stack_checker, sps, spp
  File "/home/matteo/anaconda3/lib/python3.11/site-packages/nest/ll_api.py", line 54, in <module>
    from . import pynestkernel as kernel  # noqa pylint: disable=no-name-in-module
ImportError: libhdf5.so.200: cannot open shared object file: No such file or directory

已确认虚拟环境的hdf5目录中存在该文件，且重装hdf5无效。

解决步骤 #

方法1：临时设置动态链接库路径（快速测试） #

1. 激活虚拟环境：

   conda activate testenv
   

2. 将虚拟环境的lib目录（通常为$CONDA_PREFIX/lib）添加到动态链接库路径：

   export LD_LIBRARY_PATH=$CONDA_PREFIX/lib:$LD_LIBRARY_PATH
   

3. 再次测试导入nest：

   python -c 'import nest'
   

   若成功，说明问题源于动态链接库路径未包含虚拟环境的hdf5库。

方法2：永久设置虚拟环境的动态链接库路径 #

避免每次激活环境手动设置路径，可创建自动执行脚本：

1. 生成激活脚本目录：

   mkdir -p $CONDA_PREFIX/etc/conda/activate.d
   

2. 创建路径设置脚本：

   echo 'export LD_LIBRARY_PATH=$CONDA_PREFIX/lib:$LD_LIBRARY_PATH' > $CONDA_PREFIX/etc/conda/activate.d/set_hdf5_path.sh
   

3. 退出并重新激活虚拟环境，路径会自动生效，再次测试导入nest即可。

方法3：重新安装兼容版本的nest-simulator #

若上述方法无效，可能是nest-simulator安装时链接了系统hdf5而非虚拟环境版本，可重新安装适配版本：

1. 卸载现有nest-simulator：

   # Conda安装的情况
   conda remove nest-simulator
   # Pip安装的情况
   pip uninstall nest-simulator
   

2. 从conda-forge源安装兼容版本：

   conda install -c conda-forge nest-simulator
   

   该源会自动匹配与nest兼容的hdf5版本，规避版本不匹配问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Matteo