multcomp::cld()无法兼容emmeans的emmList/emmGrid对象问题求助

方法1：使用emmeans内置的CLD()函数 #

emmeans目前已自带紧凑字母标记生成功能，无需依赖multcomp的cld()，直接调用包内函数即可：

pigs.lm <- lm(log(conc) ~ source + factor(percent), data = pigs)
pigs.emm <- emmeans(pigs.lm, "percent", type = "response")
CLD(pigs.emm, alpha = 0.10, Letters = LETTERS)

方法2：通过multcomp的glht()中转调用 #

若坚持使用multcomp的cld()，需先将emmgrid对象转换为glht类型，再执行标记生成：

library(multcomp)
pigs.lm <- lm(log(conc) ~ source + factor(percent), data = pigs)
pigs.emm <- emmeans(pigs.lm, "percent", type = "response")
# 转换为glht对象
pigs.glht <- glht(pigs.lm, linfct = emmeans::linfct(pigs.emm))
# 生成紧凑字母标记
cld(pigs.glht, alpha = 0.10, Letters = LETTERS)

额外提示 #

• 确保emmeans和multcomp均为最新版本，版本不兼容是接口失效的核心原因
• 若基于线性模型的链接尺度（此例为log尺度）生成标记，可移除type = "response"参数

内容的提问来源于stack exchange，提问作者SteveMcManaman