运行orthofinder遇GLIBC_2.35缺失错误，求解决方案

问题描述 #

运行命令 ./orthofinder -f /folder 时反复出现以下错误：

[28887] Error loading Python lib '/tmp/_MEIqx6YRS/libpython3.10.so.1.0': dlopen: /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6: version GLIBC_2.35' not found (required by /tmp/_MEIqx6YRS/libpython3.10.so.1.0)

系统环境信息：

• 基于Ubuntu 18.04 LTS的Linux Mint 19 "Tara"
• 当前GLIBC版本为2.27，通过 ldd --version 验证结果：

  ldd --version 
  ldd (Ubuntu GLIBC 2.27-3ubuntu1.6) 2.27
  

• 执行 sudo apt update 或 sudo apt upgrade 无法升级GLIBC版本
• 已安装最新版Python，另一台搭载GLIBC 2.31的电脑可正常运行该程序

解决方案 #

1. 从源码编译运行（推荐） #

预编译版Orthofinder打包了依赖高版本GLIBC的Python环境，源码编译可适配本地系统：

• 先安装必要依赖：

  sudo apt install python3-pip python3-numpy python3-scipy python3-pandas python3-biopython
  

• 克隆源码并运行：

  git clone https://github.com/davidemms/OrthoFinder.git
  cd OrthoFinder
  python3 orthofinder.py -f /folder
  

  此方式使用本地Python环境，规避预编译包的依赖问题。

2. 下载适配低GLIBC版本的预编译包 #

查找Orthofinder发布页中明确兼容Ubuntu 18.04/GLIBC 2.27的版本：

• 选择早期版本或标注支持旧系统的预编译包，解压后直接运行，替换当前使用的预编译文件。

3. 修改预编译包调用本地Python（部分场景有效） #

若预编译包允许调用外部Python，尝试以下操作：

• 解压当前预编译包（可尝试用 unzip 或 7z 工具，或查看程序帮助文档确认解压方式）
• 找到包内主脚本，将开头的shebang行修改为本地Python路径，例如 #!/usr/bin/env python3
• 运行修改后的脚本，避免使用打包的Python环境。

4. 本地安装高版本GLIBC（风险较高） #

注意：切勿替换系统默认GLIBC，否则会导致系统崩溃，仅安装到用户目录并临时指定加载路径：

• 下载并编译GLIBC 2.31（另一台可运行机器的版本）：

  wget https://ftp.gnu.org/gnu/glibc/glibc-2.31.tar.gz
  tar xf glibc-2.31.tar.gz
  cd glibc-2.31
  mkdir build && cd build
  ../configure --prefix=$HOME/local/glibc-2.31
  make -j$(nproc)
  make install
  

• 运行Orthofinder时指定GLIBC加载路径：

  LD_LIBRARY_PATH=$HOME/local/glibc-2.31/lib:$LD_LIBRARY_PATH ./orthofinder -f /folder
  

  此方法可能引发其他依赖兼容问题，需谨慎测试。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者gforg34