VSCode远程连接Ubuntu虚拟机时R环境无法安装包问题

环境信息 #

• 宿主机：Windows11
• 虚拟机：VMware 17 Pro
• 系统：ubuntu-22.04.3-desktop-amd64
• Anaconda配置：已安装Anaconda3，创建名为r431的环境，包含R 4.3.1和radian，仅执行过conda init，未修改.bashrc
• VSCode远程配置：通过SSH连接Ubuntu，settings.json内容如下：

{
    "remote.SSH.remotePlatform": {
        "ubuntu2204": "linux"
    },
    "r.bracketedPaste": true,
    "r.plot.useHttpgd": true,
    "r.rpath.linux": "/home/toxin/anaconda3/envs/r431/bin/R",
    "r.rterm.linux": "/home/toxin/anaconda3/envs/r431/bin/radian",
    "r.rterm.option": [
        "--no-site-file",
        "--r-binary=/home/toxin/anaconda3/envs/r431/bin/R"
    ]
}

问题描述 #

可以正常激活radian并运行代码，但执行r$> install.packages("stringr")时安装失败，报错信息如下：

* 正在安装*源*包‘stringi’...
** 成功解包并检查MD5和
** 使用分段安装
/home/toxin/anaconda3/envs/r431/lib/R/bin/config: 1: eval: make: 未找到
/home/toxin/anaconda3/envs/r431/lib/R/bin/config: 1: eval: make: 未找到
/home/toxin/anaconda3/envs/r431/lib/R/bin/config: 1: eval: make: 未找到
/home/toxin/anaconda3/envs/r431/lib/R/bin/config: 1: eval: make: 未找到
/home/toxin/anaconda3/envs/r431/lib/R/bin/config: 1: eval: make: 未找到
/home/toxin/anaconda3/envs/r431/lib/R/bin/config: 1: eval: make: 未找到
Error in system2(file.path(R.home("bin"), "R"), c("CMD", "config", x),  : 
  运行命令出错
* 正在移除‘/home/toxin/anaconda3/envs/r431/lib/R/library/stringi’
ERROR: 依赖‘stringi’ 不可用于包‘stringr’
* 正在移除‘/home/toxin/anaconda3/envs/r431/lib/R/library/stringr’

下载的源包在以下位置：
        ‘/tmp/RtmpqtjmB0/downloaded_packages’
正在更新'.Library'中的包HTML索引
正在制作'packages.html' ... 完成
警告信息：
1: In install.packages("stringr") :
  包‘stringi’的安装退出状态非零
2: In install.packages("stringr") :
  包‘stringr’的安装退出状态非零

解决方法 #

原因 #

报错提示make: 未找到，说明Ubuntu系统缺少基础编译工具链，而stringi等R包需要从源码编译安装，依赖make、gcc这类工具。

方案1：安装系统编译工具 #

在Ubuntu终端执行以下命令，安装编译依赖：

sudo apt update && sudo apt install build-essential

这个命令会安装make、gcc、g++等核心编译工具，满足R包源码编译的需求。安装完成后，重新在radian中执行install.packages("stringr")即可。

方案2：通过conda安装预编译包 #

如果不想安装系统编译工具，可以直接用conda安装预编译好的R包，避免源码编译步骤：

conda activate r431
conda install -c conda-forge r-stringr

内容的提问来源于stack exchange，提问作者toxin