如何在Pheatmap包中设置热图的特定列顺序？

要实现自定义列顺序，需要两步操作：确保数据集列顺序匹配你的自定义列表，同时禁用列聚类。具体步骤如下：

1. 修正自定义列名的格式
   你当前用list()定义的my_col是列表类型，而列索引需要的是字符向量，改成用c()创建：

my_col <- c("AL703GG", "AO641M", "CL374FF", "AO643DD", "CO438LL", "CE480L", "AE608H", "SM11", "AK83", "NGR", "AK58", "AK75", "BL225C", "CO431A", "H1", "AL703H", "1A42", "8A52", "T073", "4B41", "7B22")

2. 重新排序数据集的列
   把mydata2的列按照my_col的顺序重新排列，确保后续绘图时列顺序正确：

mydata2_ordered <- mydata2[, my_col]

注意：要保证my_col中的所有元素都是mydata2的有效列名，否则会出现索引错误。

3. 调用Pheatmap并禁用列聚类
   使用排序后的数据集绘图，同时设置cluster_cols = FALSE，这样pheatmap就不会自动对列进行聚类，保持你定义的顺序：

pheatmap(mydata2_ordered,
         display_numbers = FALSE,
         annotation_row = my_rows,
         cluster_rows = FALSE,
         cluster_cols = FALSE)

核心要点是：必须禁用列聚类（cluster_cols = FALSE），否则pheatmap的自动聚类会覆盖你的自定义列顺序；同时要先确保数据集的列顺序和你的自定义列表完全匹配。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Iacopo Passeri