如何识别并排除minfi中getQC质量检查不合格的EPIC芯片样本？

步骤1：确定要排除的样本 #

从plotQC(qc)的可视化结果中，记录下需要排除的样本名称（或它们在样本列表中的位置索引）。

步骤2：更新表型数据的排除标记 #

在你的targets数据框中，将目标样本的exclude列设为TRUE：

# 示例：通过样本名称匹配标记
exclude_samples <- c("SampleID_1", "SampleID_2", "SampleID_3", "SampleID_4", "SampleID_5")
targets$exclude[targets$Sample_Name %in% exclude_samples] <- TRUE

# 或者通过样本索引标记（假设要排除第3、5、7、9、11位的样本）
# targets$exclude[c(3,5,7,9,11)] <- TRUE

步骤3：过滤MethylSet对象 #

利用targets中的exclude标记，对methylset进行子集筛选，保留未标记为排除的样本：

# 过滤MethylSet，只保留exclude为FALSE的样本
methylset_filtered <- methylset[, !targets$exclude]

步骤4：同步过滤表型数据 #

同步更新targets，得到过滤后的表型信息：

targets_filtered <- targets[!targets$exclude, ]

验证样本一致性 #

可以通过以下代码确认过滤后的MethylSet和表型数据的样本顺序/名称完全匹配：

all(sampleNames(methylset_filtered) == targets_filtered$Basename)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者cewim