Slurm作业srun仅启动1个进程问题求助(附脚本及输出)
问题解决:Slurm中srun仅启动单个MPI进程重复执行
核心原因
你的MPI程序未被正确编译为多进程版本,或是Slurm与MPI的集成配置存在问题,导致srun -n 16实际是重复启动了16次单进程MPI程序,而非16个并行进程。
解决步骤
1. 确保MPI程序正确编译
使用集群对应的MPI编译器重新编译代码,例如OpenMPI环境下用mpicc:
mpicc firstmpi.c -o firstmpi
若集群使用Intel MPI,则替换为mpiicc,具体可通过module avail查看集群可用的MPI模块。
2. 调整Slurm脚本与srun参数
方案A:让Slurm管理任务数(推荐)
修改脚本,移除srun中的-n 16,改用SBATCH参数指定总任务数,让srun自动继承Slurm的资源分配:
#!/bin/bash #SBATCH -N 1 #SBATCH -p RM #SBATCH -t 00:01:00 #SBATCH --ntasks=16 # 指定总任务数,替代仅节点内任务数的设置 #SBATCH --error=job.err #SBATCH --output=job.out # 加载MPI模块(根据集群实际情况调整,例如openmpi/4.1.5) module load openmpi srun ./firstmpi > out
方案B:显式指定MPI集成参数
若必须在srun中指定任务数,添加--mpi=pmi2(或集群支持的其他MPI接口),确保Slurm与MPI正常通信:
srun --mpi=pmi2 -n 16 ./firstmpi > out
3. 验证MPI环境
提交作业前,确认已加载正确的MPI模块:
module list
若未加载,执行module load <mpi-module-name>,例如module load openmpi。
验证结果
重新编译并提交作业后,输出应显示不同的进程rank,示例如下:
Hello world from processor r309.ib.bridges2.psc.edu, rank 0 out of 16 processors Hello world from processor r309.ib.bridges2.psc.edu, rank 1 out of 16 processors ... Hello world from processor r309.ib.bridges2.psc.edu, rank 15 out of 16 processors
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Sap BH
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