如何在R Markdown中为.tex与.pdf文件指定不同输出目录？

方法一：使用Post-Render钩子（推荐） #

在你的R Markdown文件YAML头部添加自定义渲染逻辑，先在source目录生成所有文件，再自动将PDF移动到父目录，同时保留.tex文件在source文件夹：

---
title: "演示文稿标题"
output:
  beamer_presentation:
    latex_engine: xelatex
    keep_tex: true
knit: (function(input_file, encoding) {
  parent_dir <- dirname(dirname(input_file))
  rmarkdown::render(input_file, encoding = encoding,
                    output_dir = dirname(input_file), # 所有文件先生成在source目录
                    post_render = function(x) {
                      # 将PDF移动到父目录
                      file.rename(x, file.path(parent_dir, basename(x)))
                    })
})
---

关键说明 #

• keep_tex: true强制保留.tex中间文件
• output_dir临时指定为source目录，确保所有生成文件初始位置正确
• post_render钩子在渲染完成后执行PDF移动操作

方法二：R脚本手动控制渲染流程 #

如果你习惯用独立R脚本管理渲染，可直接在脚本中完成渲染+文件移动：

# 定义路径
input_rmd <- "source/your_slides.Rmd"
target_pdf <- "your_slides.pdf"

# 渲染到source目录（保留tex文件）
rmarkdown::render(
  input = input_rmd,
  output_format = "beamer_presentation",
  latex_engine = "xelatex",
  keep_tex = TRUE,
  output_dir = dirname(input_rmd)
)

# 将PDF移动到父目录
generated_pdf <- file.path(dirname(input_rmd), target_pdf)
file.rename(generated_pdf, target_pdf)

方法三：内嵌R代码块移动文件（替代方案） #

在R Markdown文件末尾添加隐藏代码块，渲染完成后自动执行文件移动：

```{r move-pdf, echo=FALSE, include=FALSE}
# 获取当前Rmd文件路径（依赖RStudio API）
current_dir <- dirname(rstudioapi::getSourceEditorContext()$path)
pdf_filename <- paste0(tools::file_path_sans_ext(basename(rstudioapi::getSourceEditorContext()$path)), ".pdf")
# 移动PDF到父目录
file.rename(file.path(current_dir, pdf_filename), file.path(dirname(current_dir), pdf_filename))

注意：此方法仅在RStudio环境下生效，非RStudio环境需调整路径获取逻辑。

## 关于你之前尝试方法失效的说明
- `pdf-engine-opt: "-output-directory=.."`：Pandoc传递该参数给XeLaTeX时，可能因路径解析冲突失效——比如Pandoc自身的输出路径设置会覆盖XeLaTeX的目录参数，或目标目录权限/存在性问题导致编译失败。
- `tinytex.engine_args`：编译错误通常源于路径变更后，XeLaTeX无法找到依赖文件（如图形、字体），相对路径逻辑被打乱导致资源缺失。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jonathan Whiteley