Ubuntu 22.04 源码编译R-3.6.1遇链接错误求助

问题根源 #

Ubuntu 22.04默认的flex版本（2.6.4及以上）与R-3.6.1源码中的lexer代码不兼容，导致编译时出现yyllocL未定义符号的链接错误。

具体解决步骤 #

1. 安装兼容的低版本flex #

下载并编译flex 2.6.3（与R-3.6.1兼容），避免替换系统默认版本：

# 创建临时编译目录
mkdir ~/flex-build && cd ~/flex-build
# 下载flex 2.6.3源码包
wget https://github.com/westes/flex/releases/download/v2.6.3/flex-2.6.3.tar.gz
tar xzf flex-2.6.3.tar.gz && cd flex-2.6.3
# 编译安装到自定义路径（示例为~/local/flex）
./configure --prefix=$HOME/local/flex
make && make install

2. 指定编译时使用低版本flex #

在编译R-3.6.1前，将低版本flex的路径加入环境变量，确保编译过程优先调用该版本：

export PATH=$HOME/local/flex/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/local/flex/lib:$LD_LIBRARY_PATH

3. 重新编译R-3.6.1 #

清理之前的编译残留，重新配置并编译：

# 进入R-3.6.1源码目录
cd /path/to/R-3.6.1
# 清理编译残留文件
make clean && rm -rf config.log config.status
# 配置编译选项（根据需求调整，示例指定安装到共享目录）
./configure --prefix=/path/to/shared/R-3.6.1 --enable-R-shlib
# 编译并安装
make && make install

4. 验证安装结果 #

编译完成后，检查R版本并确认tools.so的符号问题已解决：

# 检查R版本
/path/to/shared/R-3.6.1/bin/R --version
# 验证tools.so中的符号
nm -D /path/to/shared/R-3.6.1/lib/R/library/tools/libs/tools.so | grep yyllocL

额外注意事项 #

• 若编译时遇到其他依赖缺失，安装R编译所需的完整依赖包：

sudo apt-get install build-essential libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev libxt-dev libpng-dev libjpeg-dev libtiff-dev

• 共享目录部署时，确保所有节点的环境变量正确指向该R版本的bin和lib路径。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Dr. Soong