嵌套拟合lmer模型时无法访问cyl变量的问题求助

错误原因 #

1. nest_by数据结构问题：用nest_by(vs)分组后，数据会拆分为每行对应一个vs水平，每行包含vs列和一个嵌套的data列——cyl、disp等变量都在这个data子数据框里。你在do里直接把.传给lmer，.指代的是当前行的完整数据（包含vs和data），并非嵌套的data子框，所以lmer找不到cyl这类变量。
2. 随机效应(1 | vs)冗余：已经按vs分组建模，每个分组内的vs是单一固定值，随机效应需要多个不同水平来估计变异，这个项本身就不合理，无法被模型识别。

修正后的代码 #

方法一：用map替代do（tidyverse现代推荐写法）

mtcars %>% 
  mutate(vs = factor(vs), gear = factor(gear), carb = factor(carb), am = factor(am), 
         cyl = factor(cyl)) %>% 
  nest_by(vs) %>% 
  mutate(fit = map(data, ~lmer(mpg ~ cyl + disp + hp + (1 | am), data = .x)))

方法二：修正do的用法（明确指定数据来源）

mtcars %>% 
  mutate(vs = factor(vs), gear = factor(gear), carb = factor(carb), am = factor(am), 
         cyl = factor(cyl)) %>% 
  nest_by(vs) %>% 
  do(fit = lmer(mpg ~ cyl + disp + hp + (1 | am), data = .$data))

关键说明 #

• 必须移除(1 | vs)：分组后每个模型的vs无变异，保留这个项会导致模型无法估计，甚至触发额外错误。
• 要让lmer读取嵌套在data列里的变量，需明确指定data参数指向该子数据框。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者12666727b9