qTune函数无法识别spots邻居的技术求助

• 检查预处理后的邻居数据是否存在：qTune依赖SingleCellExperiment对象中存储的邻居关系，运行names(colPairs(sce))查看是否有合法的邻居条目（如"neighbors"），若为空说明SpatialPreprocess未成功生成邻居数据。
• 验证坐标数据有效性：确认spatialCoords(sce)存储的是数值型坐标且无NA值，可通过str(spatialCoords(sce))检查数据类型，sum(is.na(spatialCoords(sce)))确认无缺失值——字符型坐标或缺失值会导致邻居构建失败。
• 核对SpatialPreprocess参数：如果调用预处理函数时参数错误（比如nneighbors设为0、platform与数据类型不匹配、未启用邻居构建相关参数），会导致邻居数据未生成，检查你的SpatialPreprocess调用代码是否符合对应包的要求。
• 排查版本兼容性：确认qTune所属包（如spatialLIBD）、SingleCellExperiment包及预处理所用包的版本是否适配，版本不匹配可能导致函数无法读取正确的邻居存储槽位。
• 检查对象结构完整性：若构建sce后手动修改过对象槽位，可能误删了邻居相关数据，建议重新运行SpatialPreprocess全程不手动修改对象结构，再测试qTune调用。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者HARI NAGA SAI KIRAN SURYADEVAR