ggplot警告移除缺失值行数低于预期问题求助

当你用scale_y_continuous(limits = ...)设定y轴范围时，ggplot会把超出范围的y值转成NA，但不同的几何图层（geom）处理这些NA的逻辑不一样，这就是警告里的移除行数和实际超界数据量对不上的核心原因：

• geom_point：会直接过滤掉所有y值为NA的行（毕竟没法画出这些点），这部分行数会被算进警告里。
• geom_line：不会删掉带NA的行，只是画图时跳过这个NA点，直接连前后正常的点，这部分行不会被算作“移除的行”，自然不会出现在警告里。

拿你提供的简化代码测试一下就懂了：

ggplot(data.frame(X2 = 1:5, X3 = c(30, 31, 20, 40, 41)), aes(X2, X3)) + 
  geom_point() + 
  geom_line() + 
  scale_y_continuous(limits = c(25, 50))

这段代码里，X3=20的点（第3行）低于y轴下限25，运行后警告只显示“Removed 1 rows containing missing values (geom_point)”——因为geom_point删掉了这1行，但geom_line只是跳过这个点，直接连(2,31)和(4,40)，没把该行算成移除的行。

回到你的数据集：那7000多个低于24的数值里，一部分被geom_point移除（计入警告），另一部分被geom_line跳过但没进警告统计，所以警告的行数才会比实际超界的少很多。

如果想准确统计所有超界的行数，直接在数据层面查就行：

# 统计y列低于24的行数
sum(your_data$y_column < 24)

# 要是不想看到警告，也可以绘图前手动过滤数据
filtered_data <- your_data[your_data$y_column >= 24, ]
ggplot(filtered_data, aes(x, y)) + geom_point() + geom_line()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user22483480