R 4.3.1更新后ggplot2图例自动排序及RStudio绘图窗口异常求助

在R 4.3.1及重装tidyverse后，ggplot2会默认对字符型变量的图例按字母排序——你原代码中用as.character(Total)把数值转成了字符，而字符型的图例项会自动按字母顺序排列（比如"10"会排在"2"前面），这就是顺序混乱的核心原因。

正确解决步骤： #

1. 提前将Total列转换为因子类型，并手动指定levels的顺序，确保和你定义的颜色顺序完全匹配：

# 把Total转为因子，指定levels为0到25的字符形式
Per_yr$Total <- factor(Per_yr$Total, levels = as.character(0:25))

2. 在ggplot的aes中直接使用fill = Total（无需再转成字符），同时保留原来的scale_fill_manual设置：

borders <- sf::st_as_sf(maps::map("world", plot = FALSE, fill = TRUE))

xmin1 = range(Per_yr$Lon)[1]
xmax1 = range(Per_yr$Lon)[2]
ymin1 = range(Per_yr$Lat)[1]
ymax1 = range(Per_yr$Lat)[2]

DF <- ggplot(Per_yr) +
    geom_sf(data = borders, fill= "white")+ 
    geom_tile(aes(x=Lon, y=Lat, fill= Total))+  # 直接用处理好的因子列
    geom_sf(data = borders,fill = NA, colour = "dark green", size=0.2)+
    coord_sf(xlim = c(xmin1, xmax1), ylim = c(ymin1, ymax1))+
    scale_fill_manual(values = c("0" = "light grey", "1" = "#fcba03", "2"= "#e8940c", "3"="DB6C05", "4"= "#e8550c", "5" = "#ad1320", "6" = "dark red",
    "7"= "#F87F65", "8"="#f772b0", "9"="#e02b73", "10" = "#611975", "11"="#8d49cc", "12" = "#b595e6",
    "13"= "#122da6", "14" = "blue", "15"="steel blue", "16" = "#609E90",  "17" =  "#0cb8e8", "18" = "#b7eb34", "19"="#90eb10",
    "20"= "#89dc69", "21"="#57c27e", "22" = "#b7c50e", "23"= "#799c11",  "24"= "#207852", "25"="#134d19"))+ 
    scale_x_longitude(ticks = 2) +
    scale_y_latitude(ticks = 2) 
print(DF)

之前尝试无效的原因： #

你用reorder的方法没有直接针对Total列的因子水平进行设置，而是试图从颜色映射表中提取顺序，这种绕路的方式没有解决“字符型变量自动排序”的核心问题，直接把Total转为指定levels的因子才是根本解法。

针对Windows 11上的这个问题，按以下步骤排查：

• 检查RStudio绘图设备设置：
  打开Tools > Global Options > General > Graphics，确认Backend设置为Default (AGG)或Windows，取消勾选Show plots in new window选项，重启RStudio后测试。

• 手动切换绘图设备：
  在控制台运行命令强制切换到RStudio内置设备：

# 切换到RStudio内置绘图设备
dev.set(which = dev.list()[grep("RStudioGD", names(dev.list()))])

或者先重置所有设备再绘图：

dev.off()

• 排查冲突包：
  如果加载了Cairo、svglite等自定义绘图设备的包，可能会强制弹出外部窗口，尝试卸载或暂时不加载这些包后再测试。

• 更新RStudio版本：
  确保使用最新版RStudio，旧版本可能和R 4.3.1存在兼容性问题。

• 重置RStudio偏好：
  若以上方法无效，可尝试重置RStudio偏好：

  1. 关闭RStudio
  2. 删除Documents/.RStudio文件夹（建议先备份重要设置）
  3. 重新打开RStudio

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Bikem Ekberzade