R语言微生物组绘图异常：期望图B却生成图A，求排查

核心问题点 #

• 数据框名称不统一：你提到数据框是C，但代码中使用的是dat，需要确保调用正确的数据框。
• 柱子位置参数错误：position = "fill"会将每个样本的柱子高度归一为1（展示相对比例），如果图B是展示各细菌门的实际count堆叠值，应该替换为position = "stack"。
• 分面布局优化：若希望每个疾病类别下的样本独立排列，facet_wrap比facet_grid更适合横向分栏的展示需求，同时要确保sample_id是因子类型，避免x轴样本顺序混乱。

修正后的代码 #

# 统一使用你提到的数据框C
C %>% 
  # 确保sample_id按预期顺序显示（可根据需求手动调整levels）
  mutate(sample_id = factor(sample_id, levels = unique(sample_id))) %>%
  ggplot(aes(x = sample_id, y = count)) +
  # 横向分栏展示不同疾病类别，每个分面独立显示对应样本
  facet_wrap(~ animal_category, scales = "free_x", nrow = 1, strip.position = "top") + 
  # 堆叠柱状图展示实际count值，fill映射细菌门index
  geom_bar(aes(fill = index), stat = "identity", position = "stack") +
  # 可选：调整x轴标签角度避免重叠
  theme(axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1))

额外说明 #

• 如果图B的y轴确实需要展示比例，只需保留position = "fill"，但要确保样本在对应疾病类别分面下正确分组。
• 若sample_id的默认排序不符合预期，可手动修改factor的levels参数调整顺序。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者the_Nepali_vet