如何在R中为热图某行添加矩形框并获取热图坐标轴范围

要解决这个问题，核心是理清热图主体的坐标逻辑，以及原始数据行和热图显示行的对应关系：

1. 保存热图返回结果
   stats::heatmap会返回包含行/列排序索引的列表，这是定位目标行的关键。示例代码：

   set.seed(123)
   mat <- matrix(rnorm(25), nrow = 5, ncol = 5)
   # 绘制热图并保存返回对象
   hm <- stats::heatmap(mat, Colv = NA, scale = "none")
   

2. 定位目标行在热图中的位置
   热图默认会对行做聚类排序（Rowv=TRUE），原始数据的行在热图里的位置是排序后的顺序。用hm$rowInd可以拿到排序后的行索引，比如要框住原始矩阵的第3行：

   target_pos <- which(hm$rowInd == 3)
   

   如果不需要行聚类，直接设置Rowv=NA，此时hm$rowInd就是1:5，目标行的位置就是它的行号本身。

3. 绘制矩形框
   热图中每个单元格的宽度、高度都是1，列的左右边界是0.5到ncol(mat)+0.5，目标行的上下边界是target_pos±0.5。直接用rect绘制：

   rect(xleft = 0.5, xright = ncol(mat) + 0.5,
        ybottom = target_pos - 0.5, ytop = target_pos + 0.5,
        border = "red", lwd = 2) # lwd控制框线粗细
   

4. 验证坐标范围（可选）
   如果想确认热图主体的实际坐标轴范围，可以切换到热图的绘图区域后查看par("usr")：

   # 切换到热图主体区域（默认是布局中的第2行第1列）
   par(mfg = c(2, 1))
   # 查看当前区域的坐标范围
   par("usr")
   

内容的提问来源于stack exchange，提问作者shaelebrown