自制PDF生成程序输出文件遭Adobe Reader提示保存问题排查

我开发了一款生成PDF文件的程序，输出文件内容包含CID Type 2文本、矢量图形、图像及流过滤器，结构相对简单。使用Adobe Reader XI打开时显示正常，但关闭时会提示保存未做任何修改的文件，这类情况通常被认为与文件损坏有关。

已做的实验 #

• 按照官方文档创建「Simple Text String Example」文件：未添加注释时正常，添加注释后出现保存提示，最终定位原因是添加注释时未更新xref table中的偏移量；
• 用MS Word 365生成PDF后，剔除元数据、信息字典、逻辑结构、标记内容、XRef stream等冗余内容，让文件结构接近我程序生成的版本，但未出现保存提示；
• 将疑似损坏的文件在Foxit、Google Chrome、Slim PDF Reader等阅读器中打开，均未发现异常。

核心问题 #

1. Adobe Reader提示保存的文件是否确实存在问题？
2. 若文件存在问题，该如何修复？是否有我在PDF规范中忽略的最低要求？

编辑补充：已提供测试文件（因包含二进制数据且体积较大，未附代码片段）。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者T0mmiTheGreat