使用Quarto撰写手稿时，添加可交叉引用补充材料文件的推荐方法？

针对你提到的需求（独立补充材料文件、符合期刊编号规则的图表交叉引用、双向引用），以下是两种实用方案，按推荐优先级排序：

方案一：Lua过滤器自定义编号与引用格式 #

Quarto基于Pandoc，Lua过滤器可以直接修改交叉引用的编号逻辑和显示格式，是最灵活的解决方案，能完美适配期刊的特殊编号规则。

步骤1：编写Lua过滤器 #

创建supp-crossref.lua文件，内容如下：

-- 检测补充材料标记，修改图表编号前缀
function Image(img)
  local is_supplemental = quarto.doc.metadata.supplemental or false
  if is_supplemental then
    -- 给补充材料的图表添加自定义类用于区分
    img.attr.classes:insert("supp-figure")
    -- 根据期刊需求设置编号格式：可选"Supplemental Figure X"或"Figure SX"
    local fig_format = quarto.doc.metadata.supp_fig_format or "prefix"
    if fig_format == "prefix" then
      img.caption = pandoc.Inlines{pandoc.Str("Supplemental Figure ")} .. img.caption
    elseif fig_format == "suffix" then
      img.caption = pandoc.Inlines{pandoc.Str("Figure S")} .. img.caption
    end
  end
  return img
end

-- 处理正文对补充材料图表的引用格式
function Cite(cite)
  for _, citation in ipairs(cite.citations) do
    -- 通过引用ID前缀判断是否为补充材料图表（假设ID以"supp-"开头）
    if citation.id:match("^supp%-") then
      local ref_format = quarto.doc.metadata.supp_ref_format or "prefix"
      if ref_format == "prefix" then
        citation.prefix = pandoc.Inlines{pandoc.Str("Supplemental ")}
      elseif ref_format == "suffix" then
        citation.prefix = pandoc.Inlines{pandoc.Str("Figure S")}
      end
    end
  end
  return cite
end

步骤2：配置文档元数据 #

• 正文文档（如manuscript.qmd）：

  ---
  title: "Main Manuscript"
  filters: [supp-crossref.lua]
  crossref:
    fig-prefix: "Figure"
  ---
  

  引用补充材料图表时，直接使用补充材料中定义的标签，比如@fig-supp-1，过滤器会自动转换为符合要求的格式（如"Supplemental Figure 1"或"Figure S1"）。

• 补充材料文档（如supplemental.qmd）：

  ---
  title: "Supplemental Materials"
  supplemental: true
  supp_fig_format: "prefix" # 可选"prefix"（显示Supplemental Figure X）或"suffix"（显示Figure SX）
  filters: [supp-crossref.lua]
  ---
  

  补充材料中的图表标签以supp-开头，比如：

  ![Experimental Setup](setup.png){#fig-supp-1}
  

步骤3：编译项目 #

使用以下命令编译所有文档，确保共享引用数据库：

quarto render --all

方案二：项目级交叉引用前缀配置（轻量方案） #

如果不需要复杂的格式切换，可直接利用Quarto的交叉引用前缀配置，实现补充材料图表的独立编号。

步骤1：项目配置（_quarto.yml） #

project:
  type: default
  output-dir: _output

crossref:
  fig-prefix: "Figure" # 正文图表前缀

步骤2：补充材料文档配置 #

在supplemental.qmd中覆盖交叉引用规则：

---
title: "Supplemental Materials"
crossref:
  fig-prefix: "S"
  fig-number-separator: "" # 去掉编号与前缀的分隔符，实现Figure S1格式
  # 若需要Supplemental Figure X格式，改为fig-prefix: "Supplemental Figure"
---

步骤3：双向引用实现 #

• 正文引用补充材料图表：使用@fig-supp-1，会自动显示为"Figure S1"或"Supplemental Figure 1"。
• 补充材料引用正文图表：直接使用正文的标签，如@fig-main-1，会显示为"Figure 1"。

同样需用quarto render --all编译所有文档，确保引用信息互通。

注意事项 #

• 所有文档需放在同一Quarto项目目录下，无需书籍格式的index.qmd。
• 若需要表格的补充引用，可在Lua过滤器中添加Table函数的处理逻辑，类似图片的处理方式。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ekatko1