RStudio中msprep函数报错求助：新手无法理解错误信息

报错信息 #

Error in msprep(time = c(NA, "c1t", "l1t"), status = c(NA, "c1", "l1"), : missing "data" argument not allowed when time argument is character vector.

问题背景 #

使用mstate包的msprep函数转换竞争风险数据时，添加keep参数后触发报错，移除该参数则函数正常运行。代码参考自Dirk Moore 2016年著作《Applied Survival Analysis using R》第131页示例。

问题根源 #

1. 未指定data参数：当time参数传入的是字符向量（即数据框的列名）时，msprep要求必须显式指定data参数，明确告知函数从哪个数据框读取这些列。移除keep参数时函数偶然能运行，是因为变量可能存在于全局环境，但这不是规范用法。
2. keep参数格式错误：keep参数不需要用data.frame()包裹，正确用法是直接传入要保留的列名字符向量。

修正后的代码 #

将原msprep调用替换为：

hepato.long <- msprep(time = c(NA, 'c1t', 'l1t'),
                      status = c(NA, 'c1', 'l1'),
                      keep = c('afp', 'tumorsize', 'cxcl17p'),
                      trans = tmat,
                      data = hc)

验证说明 #

修正后，msprep会正确从hc数据框读取指定的时间、状态列，并保留afp、tumorsize、cxcl17p三个协变量，输出符合预期的msdata格式对象。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Barry Martin