按样地分组的植被相对丰度堆叠柱状图绘制求助

你第一段ggplot代码的核心问题是x轴与fill参数都设置为type，这会导致每个植被类型单独成组，无法呈现样地内不同物种的相对丰度堆叠效果。结合你的数据集结构（植被类型、物种、样地相对丰度），正确的实现步骤如下：

1. 转换数据为长格式 #

如果你的数据集是宽格式（每列对应一个物种，每行对应一个样地，附带植被类型列），先转换为长格式：

library(tidyr)
library(ggplot2)

# 保留type列，将其他物种列转为"物种-相对丰度"的键值对
dat_long <- pivot_longer(dat, 
                         cols = -type, 
                         names_to = "species", 
                         values_to = "relative_abundance")

2. 绘制堆叠柱状图 #

以样地为x轴，物种为填充分组，可按植被类型分面对比：

ggplot(dat_long, aes(x = site, y = relative_abundance, fill = species)) +
  geom_bar(position = "fill", stat = "identity") + # position="fill"实现百分比堆叠
  facet_wrap(~type) + # 按植被类型分面展示
  labs(x = "样地", y = "相对丰度（比例）", fill = "物种") +
  theme_bw()

补充说明 #

你提供的第二段NMDS代码属于群落排序分析，和堆叠柱状图的绘制需求无关。如果需要结合排序结果可视化，可以后续单独处理，当前堆叠图的问题核心是数据格式与ggplot参数的匹配。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Courtney Lanigan