如何在ggplot中为点配置两组不同的填充颜色？解决箭头形状点填充颜色与图例不一致的问题

要让箭头形状的点填充色和"Direction of selection"图例一致，同时保留条形图的个体填充色，核心是处理两个独立的fill映射（条形图对应个体，点对应选择方向），并调整形状的属性映射。下面是具体的解决方案：

1. 准备工作：加载必要的包 #

因为ggplot默认只能有一个fill比例尺，我们需要用ggnewscale包来创建第二个fill scale，用于点的填充色：

install.packages("ggnewscale")
library(ggnewscale)

2. 调整数据的因子顺序（可选但推荐） #

确保dir.selection的因子顺序和你的颜色、形状逻辑对应，比如让"Preferred"（向上箭头）、"-"（中性）、"Avoided"（向下箭头）按顺序排列：

my.dat$dir.selection <- factor(my.dat$dir.selection, levels = c("Preferred", "-", "Avoided"))
# 对应调整颜色和形状的顺序
col.dir.sel <- c("#26AE61", "#2D3D50", "#E74D3C") # Preferred:绿, -:深灰, Avoided:红
shape.dir.sel <- c(24, 21, 25) # 24=上箭头,21=圆圈,25=下箭头

3. 修改绘图代码 #

关键变化是拆分fill映射，让条形图和点使用各自的fill scale：

text.size <- 14

my.dat %>% 
  ggplot(aes(x = Habitat, y = indices)) + 
  geom_hline(yintercept = 0)+ 
  # 条形图：绑定fill到个体band.fct，使用Set1调色板
  geom_bar(aes(fill = band.fct),
           position = "dodge", stat = "identity", width = .7, size = 2) + 
  # 启动新的fill比例尺，用于点的填充色
  new_scale_fill() +
  # 点：绑定fill、color、shape到选择方向dir.selection
  geom_point(position = position_dodge(width = .7), 
             aes(x = Habitat, y = position.point, fill = dir.selection, col = dir.selection, shape = dir.selection), 
             size = 6) + 
  ylim(range(c(-1.2, my.dat$indices, 1.2))) + 
  # 主题设置保留你的原有配置
  theme(axis.line = element_line(linetype = "solid"), 
        axis.ticks = element_line(colour = "black", size = 1), 
        axis.title = element_text(size = text.size), 
        axis.title.x=element_blank(), 
        axis.text = element_text(size = text.size-2, colour = "black"), 
        plot.title = element_text(size = text.size, hjust = 0.05, vjust = -7), 
        plot.tag = element_text(face = "bold", colour = "black", size = 20), 
        plot.tag.position = c(0.01, 0.98), 
        plot.background = element_rect(fill = "transparent", color = NA), 
        panel.grid.major = element_line(colour = col.grid, size = 0.3, linetype = "dotted"), 
        panel.grid.minor = element_line(colour = col.grid, size = 0.0, linetype = "dotted"), 
        panel.background = element_rect(fill = "transparent"), 
        legend.title = element_text(colour="black", size=text.size, face="bold"), 
        legend.text = element_text(colour="black", size=text.size-2)) + 
  labs(y = "Index") + 
  scale_x_discrete(drop=FALSE) + 
  # 条形图的fill比例尺：对应Individuals图例
  scale_fill_brewer(palette="Set1", drop=FALSE, name="Individuals") + 
  # 点的color比例尺：对应选择方向
  scale_color_manual(values = col.dir.sel, drop=FALSE, name = "Direction of\nselection") + 
  # 点的fill比例尺：和color一致，确保填充色正确
  scale_fill_manual(values = col.dir.sel, drop=FALSE, name = "Direction of\nselection") + 
  # 形状比例尺：绑定到选择方向，图例中显示正确的颜色和形状
  scale_shape_manual(values = shape.dir.sel, drop=FALSE, 
                     guide = guide_legend(override.aes = list(fill = col.dir.sel, color = col.dir.sel))) + 
  # 调整图例顺序和显示：合并选择方向的color/fill/shape图例，隐藏个体图例的形状
  guides(fill = guide_legend(override.aes = list(shape = NA), order=1),
         color = guide_legend(order=2),
         shape = guide_legend(order=2))

关键修改说明： #

• 移除了初始ggplot()中的fill=band.fct，让每个图层独立设置fill映射。
• 使用new_scale_fill()分隔条形图和点的fill比例尺，避免冲突。
• 将geom_point的fill绑定到dir.selection，而非继承条形图的band.fct，这样点的填充色就会和选择方向对应。
• 调整scale_shape_manual的guide参数，确保图例中的形状和颜色匹配实际点的样式。
• 通过guides()优化图例显示，合并选择方向的多个图例，让界面更整洁。

这样修改后，点的填充色就会和"Direction of selection"图例一致，同时条形图的个体填充色也能保留，箭头形状的上下方向也符合选择逻辑。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者M. Beausoleil