如何自定义estaccumR对象绘图：仅显示S与Chao（不含ACE）

首先确保已加载vegan包（estaccumR是该包的函数），并生成累积估计对象：

library(vegan)
# 生成estaccumR对象，使用dune示例数据集
acc_obj <- estaccumR(dune)

Base R 实现方式 #

通过提取累积曲线的数值数据，手动绘制指定曲线：

1. 将estaccumR对象转换为数据框，获取各估计量的数值：

acc_df <- as.data.frame(acc_obj)

2. 先绘制观测物种数（S）的曲线，再叠加Chao估计值的曲线，同时隐藏ACE：

# 初始化绘图，绘制S曲线
plot(acc_df$S, 
     type = "l", 
     lwd = 2, 
     col = "steelblue", 
     xlab = "样本数量", 
     ylab = "物种数量", 
     main = "物种累积曲线（仅S & Chao）")

# 叠加Chao曲线
lines(acc_df$Chao, 
      type = "l", 
      lwd = 2, 
      col = "firebrick", 
      lty = 2)

# 添加图例区分两条曲线
legend("bottomright", 
       legend = c("观测物种数(S)", "Chao物种估计值"), 
       col = c("steelblue", "firebrick"), 
       lty = c(1, 2), 
       lwd = 2)

ggplot2 实现方式 #

需要将宽格式数据转换为长格式，再通过ggplot2绘制指定曲线：

1. 加载必要的包（ggplot2和tidyr用于数据转换）：

library(ggplot2)
library(tidyr)

2. 将数据框转换为长格式，仅保留S和Chao列：

acc_long <- acc_df %>%
  pivot_longer(cols = c(S, Chao), 
               names_to = "估计类型", 
               values_to = "物种数")

3. 使用ggplot2绘制曲线：

ggplot(acc_long, aes(x = seq_along(物种数), y = 物种数)) +
  geom_line(aes(color = `估计类型`, linetype = `估计类型`), 
            linewidth = 1.2) +
  labs(x = "样本数量", 
       y = "物种数量", 
       title = "物种累积曲线（仅S & Chao）") +
  scale_color_manual(values = c("S" = "steelblue", "Chao" = "firebrick")) +
  scale_linetype_manual(values = c("S" = 1, "Chao" = 2)) +
  theme_minimal()

注：seq_along(物种数)用于生成样本数量的序列，对应estaccumR对象中每行的样本量。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者AugieRockDoc