Nextflow技术问询：如何将YAML输入文件传入samples通道为列表

数据老陈

2026-7-11

解决Nextflow通过--input_list加载S3中YAML样本列表的问题

问题背景

在运行Nextflow流程时，需通过--input_list参数传入存储在S3中的YAML格式输入文件（包含samples列表），并将其转换为列表传入samples通道。原本使用-params-file参数时，samples通道的代码可正常运行，但因特殊原因无法使用该参数，需适配--input_list的解决方案。

运行命令示例

$ nextflow run main.nf \
   -config nextflow.config \
   --input_list s3://my-bucket/params.yml \
   --publish_dir ./output

YAML输入文件内容

samples:
-
 biosample_id: WGS001
 bam: WGS001.bam
-
 biosample_id: WGS0002
 bam: NWGS0002.bam

原适配`-params-file`的代码

// input_list = "s3://my-bucket/params.yaml"

Channel
    .fromList( params.samples )
    .ifEmpty { ['biosample_id': params.biosample_id, 'bam': params.bam] }
    .set { samples }

// 后续通道操作...

已验证可行的适配代码

import groovy.yaml.YamlSlurper

// 设置参数默认值，防止未传入--input_list时流程报错
params.input_list = "inputs.yaml"

workflow {    
    // Nextflow的file()方法原生支持S3路径，直接解析YAML文件
    def inputs = new YamlSlurper().parse(file(params.input_list))

    Channel
        .fromList(inputs['samples'])
        .ifEmpty { ['biosample_id': params.biosample_id, 'bam': params.bam] }
        .set { samples }
}