使用Cython打包多个.pyx文件为单个Python包时遇文件查找失败问题

问题原因 #

当Cython编译mypkg/main.pyx时，默认工作目录是项目根目录，而非mypkg子目录。你在main.pyx中使用include "add.pyx"时，Cython会在根目录下查找该文件，但实际add.pyx和prod.pyx都在mypkg子目录里，因此出现找不到文件的错误。

解决方法 #

两种可靠方案任选其一即可：

方案1：在Extension配置中添加include搜索目录 #

修改setup.py中的Extension定义，添加include_dirs参数，指定mypkg为Cython的搜索目录：

from Cython.Distutils.build_ext import new_build_ext
from setuptools import setup
from setuptools.extension import Extension

ext_modules = [
Extension(
    "mypkg.main",
    sources=["mypkg/main.pyx"],
    include_dirs=["mypkg"],  # 新增：将mypkg加入搜索路径
),
]

setup(
    ext_modules=ext_modules,
    cmdclass={"build_ext": new_build_ext},
    requires=['cython'],
)

此修改后，Cython编译时会自动去mypkg目录查找目标文件，原main.pyx中的include语句无需改动。

方案2：修改include语句的路径 #

直接在mypkg/main.pyx中使用相对于项目根目录的完整路径：

include "mypkg/add.pyx"
include "mypkg/prod.pyx"

这种方式无需修改setup.py，Cython会直接从根目录定位到目标文件。

验证构建与使用 #

修改完成后，按以下步骤验证：

1. 清理残留构建文件（可选）：删除build、dist和mypkg.egg-info目录
2. 构建包：python -m build
3. 安装包：pip install dist/mypkg-0.1.0.tar.gz（或对应wheel文件）
4. 测试功能：

import mypkg.main
print(mypkg.main.add(1.0, 2.0))  # 输出3.0
print(mypkg.main.prod(2.0, 3.0)) # 输出6.0

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ysroh260