如何用R与DuckDB读取CSV并转为sf对象？解决读取报错

问题原因 #

错误Error in CPL_read_wkb(x, EWKB, spatialite): reading wkb type 0 is not supported是因为生成的geometry列中存在空几何（Empty Geometry），通常由以下原因导致：

• ST_Point参数顺序错误（将纬度/经度搞反）
• 未过滤经纬度为空的行，生成了无效几何
• 未指定空间参考系（SRID）导致几何类型不被sf识别

解决方案 #

1. 修正几何列生成逻辑 #

创建df_sf表时，确保使用正确的参数顺序、过滤空值并指定SRID：

-- 重新创建df_sf表，修正几何生成逻辑
CREATE TABLE df_sf AS
SELECT 
  *, 
  ST_SetSRID(ST_Point(longitude, latitude), 4326) AS geometry
FROM df
-- 过滤空的经纬度，避免生成空几何
WHERE longitude IS NOT NULL AND latitude IS NOT NULL;

注意：DuckDB的ST_Point参数是(x, y)，对应经度（longitude）在前，纬度（latitude）在后，不要搞反。ST_SetSRID(..., 4326)指定WGS84坐标系，是地理数据的通用标准。

2. 正确读取并转换为sf对象 #

不要直接用st_read读取DuckDB表，而是先通过DBI或dplyr提取数据，再用st_as_sf转换：

方法1：使用DBI

# 从DuckDB提取数据
data <- DBI::dbGetQuery(con, "SELECT * FROM df_sf")

# 转换为sf对象
data_sf <- sf::st_as_sf(data, wkt = "geometry")

方法2：使用dplyr管道

data_sf <- dplyr::tbl(con, "df_sf") %>%
  dplyr::collect() %>%
  sf::st_as_sf(wkt = "geometry")

验证结果 #

转换完成后可以用以下命令验证sf对象：

# 查看对象类型
class(data_sf)

# 查看空间信息
sf::st_crs(data_sf)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Philippe Massicotte