如何让Snakemake在执行集群命令前将其打印到日志中？

• 用--dry-run（缩写-n）加--verbose（缩写-v）：这俩参数组合会模拟运行整个流程，同时输出所有通配符替换后的完整集群调度命令，不会真的提交任务。如果你的cluster参数是从配置文件读取的，直接运行：

  snakemake -n -v
  

  如果是命令行指定cluster参数，就带上你的模板：

  snakemake -n -v --cluster "你的集群命令模板"
  

• 开启调试日志：用--debug参数启动Snakemake，会输出更底层的调度细节，包括生成的集群命令：

  snakemake --debug
  

  也可以通过设置环境变量开启调试：

  export SNAKEMAKE_DEBUG=1
  snakemake
  

• 写个简单的包装脚本：如果上面的方法都没效果，就写个小脚本当中间层，先把完整命令存到日志里，再调用实际的集群调度器。比如创建cluster_wrapper.sh：

  #!/bin/bash
  # 把完整命令写入日志文件
  echo "[$(date)] Full cluster command: $0 $@" >> /your/path/cluster_cmd_log.txt
  # 替换成你实际用的集群调度命令，比如qsub、sbatch
  sbatch "$@"
  

  给脚本加执行权限：chmod +x cluster_wrapper.sh，然后在Snakemake配置里把cluster参数指向这个脚本，保留原来的模板参数：

  cluster: "./cluster_wrapper.sh 你的原有命令参数模板"
  

  这样每次调度任务时，完整的命令就会被记录到你指定的日志文件里，方便排查问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sibbo