RStudio Python环境加载scvelo报错：numba _internal初始化失败

问题场景 #

在RStudio通过reticulate调用Python 3.9.18环境（路径：/home/olga/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/bin/python）时，加载scvelo包触发SystemError: initialization of _internal failed without raising an exception错误，但pandas、anndata、matplotlib等其他包可正常使用，已尝试卸载重装numba和numpy，问题仍未解决。

可行解决步骤 #

• 锁定numba与numpy的兼容版本：scvelo对numba和numpy的版本匹配要求严格，Python 3.9建议安装以下稳定组合：

  pip uninstall -y numba numpy
  pip install numpy==1.23.5 numba==0.56.4
  

• 重置Reticulate的Python环境缓存：Reticulate可能保留了旧的包加载状态，执行以下R代码强制重装scvelo并刷新环境：

  reticulate::py_install("scvelo", force = TRUE, envname = "r-reticulate")
  reticulate::use_condaenv("r-reticulate", required = TRUE)
  

• 检查scvelo依赖完整性：在Python REPL中运行以下命令，确认所有依赖都已正确安装：

  import scvelo
  scvelo.check_version()
  

  若输出中提示缺失依赖，直接安装对应的包即可。

• 升级Reticulate到最新版本：当前使用的Reticulate 1.32.0可能存在兼容性bug，升级到最新版本：

  install.packages("reticulate")
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者jonny jeep