嵌套循环中BCFtools无法读取区域的问题求助

待处理文件内容 #

我有一个包含区域信息的文本文件，内容如下：

chr2:1-26910392
chr2:26910393-53820784
chr2:53820785-80731176
chr2:80731177-107641568

执行的过滤脚本 #

我编写了一段Bash脚本，逐行读取上述文件的区域信息，用于过滤VCF文件：

count=0
for i in 2; do
    while IFS= read -r line; do
    ((count+=1))
    echo "$i"
    echo "$line"
    echo "$count"
    bcftools view -Oz --regions $line /scratch4/chr"$i"_nsconcat2.ALLChr.vcf.gz > /scratch4/split_contig/split_"$count"_"$i"_nsconcat2.ALLChr.vcf.gz
    done < /scratch4/chr"$i".txt
done

报错信息 #

脚本执行后抛出错误：

无法读取区域：chr2:1-26910392
[E::_regions_init_string] 无法解析区域：chr2:1-26910392

排查细节 #

1. 手动执行对应命令可正常运行：

bcftools view -Oz --regions chr2:1-26910392  /scratch4/chr2_nsconcat2.ALLChr.vcf.gz >/scratch4/split_contig/split_0_2_nsconcat2.ALLChr.vcf.gz

2. 脚本中echo输出内容正常，显示结果如下：

2
chr2:1-26910392
0
2
chr2:26910393-53820784
1
2
chr2:53820785-80731176
3
2
chr2:80731177-107641568
4

3. 修改while循环条件为while IFS= read -r line || [[ -n "$line" ]]; do后，最后一行区域的过滤命令可正常执行。
4. 已确认文本文件中每行仅包含一个区域字符串。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Gabriel G.